原材料的不同成分
水性縫劑以環氧樹脂為主要材料，以水分子為分散介質，固化前可被水分解。油基縫劑以環氧樹脂為主要材料，油在表面形成壹層薄膜，保護內層材料不被分解，並加入大量化學物質幫助穩定性能。
不同層次的環境保護
水性縫合劑是壹種可溶於水的天然材料，環保無害，可用於各種空間。施工過程中無異味，無有害物質。油基縫合劑不溶於水，很多化工原料受成分影響，不如水性縫合劑環保，會有化學刺鼻氣味。
清潔難度不同。
水性縫劑不經意間粘在手上，固化前可以及時用清水洗掉，但固化後需要用酒精、醋、洗潔精洗掉。無論油性縫劑是否固化，都需要酒精、醋、洗潔精來洗掉，而且很難清理，會留下痕跡。
施工環境有差異
水性縫劑的施工環境需要保持完全幹燥，不能留有水漬或潮濕的可能，否則縫劑很容易幹燥、膨脹、變白。油性縫劑的施工環境中看不到明水，但在稍濕的環境中可以施工，長期潮濕的衛生間更適合使用油性縫劑。