根據豫編（1996）2號文件，我所為省直正處級事業法人單位，經費實行全額預算管理，事業編制86人。
內部機構設置與職責
1. 辦公室：
職責：負責本所黨務政務、綜合協調、人事勞資、行政後勤、文明創建和崗位職責的監督檢查等工作。負責本所離退休幹部的服務管理和老幹部工作目標的落實工作。
2．基建考古辦公室：
職責：負責本所科研項目、科研規劃管理工作，協調檢查田野考古主動發掘和配合基建項目的完成情況，以及考古發掘技工的管理工作。
3．第壹研究室：
職責：負責商以前和相關項目的地下文物考古工作，承擔上級和本所下達的科研項目以及配合基本建設的文物考古工作。
4．第二研究室：
職責：負責鄭州、新鄭、濟源、三門峽、登封、西山6個工作站的文物考古和管理工作，承擔上級和本所下達的科研項目。
5．第三研究室：
職責：負責周以後和相關項目的地下文物考古工作，承擔上級和本所下達的科研項目以及配合基本建設的文物考古工作。
6．科技考古室：
職責：負責跨學科的文物保護與研究工作。
7．編輯部：
職責：負責《華夏考古》的編輯、出版、發行和科研成果的編輯出版工作。
8．計財科：
職責：負責本所財務管理和文物保護專項經費的使用管理工作。
9. 資料室：
職責：負責本所文物、文物資料的收藏管理和利用，以及圖書資料的管理、供閱、信息服務等工作。
10．技術室 :
職責：負責所內文物保護、考古發掘出土文物標本的技術處理和保護研究。
11．物業管理科 :
職責：負責所內行政後勤物資的供應、設備管理及維修保養。
12．保衛科：
職責：負責本所庫藏文物、田野考古工地文物和國有資產的安全，以及治安、消防管理工作。