清同治元年（1862）為優貢生，同治六年中舉人。後2次應試不第，遂壹意講學論著，說；“吾無意作官，恐得壹令，更累我也”，以發明學術、表彰先賢、啟迪後進為終生之誌。歷任書院山長有：黃巖九峰、清獻和文達，處州蓮城，溫州中山、東山、肄經，太平宗文，臨海正學，江西南昌經訓。王棻博學通經，崇尚宋明理學，贊頌民族氣節，常以抗清誌士呂留良等人事跡教育學生。提倡讀書應明理義，不是為做官。以“左交許鄭右程朱①，要使濱海變鄒魯”作為教育宗旨，臺州近代學者喻長霖、王舟瑤、章梫、朱謙、管世駿、黃方慶等均出於門下。光緒八年（1882），江西鄉試，壹半以上中舉出自王棻執掌的書院。
王棻深感黃巖藏書不足，多方搜集經史典籍，發掘鄉邦文獻。同治七年赴考時，在京師借得失傳的明抄本《杜清獻集》，日夜抄錄，並撰《杜清獻年譜》作附集壹起付梓。向“玉海樓”②借臺州古籍，刻印宋車若水《腳氣集》、明方孝孺《遜誌齋集》。王棻執掌九峰書院先後十余年，註重文化事跡，將江西學政贈銀3000兩，購《古今圖書集成》等庋藏名山閣藏書樓，還收藏歷代大型類書《太平禦覽》、《冊府元龜》、《淵鑒類函》、《古逸叢書》、《武英殿叢書》等，計各類書籍3萬余卷。
著有《經說偶存》、《六書古訓》、《史記補正》、《漢書補正》、《重訂歷代帝王年表》、《明年表》、《大統平議》、《大禮平議》、《明大禮駁議》、《中外和戰議》、《臺獻疑年錄》、《柔橋文鈔》等。自光緒七年開始編纂《臺學統》，至晚年成書100卷，輯錄臺州晉代至清代名人337人。《柔橋文鈔》總結壹生的學術思想，頗受清末以來學者贊譽。