瑪瑙種類很多，有象形圖紋瑪瑙（瑪瑙天然圖案、瑪瑙畫面石、象形切片、圖紋瑪瑙、水草瑪瑙、海洋玉髓、風景瑪瑙、圖案瑪瑙、影子瑪瑙等總稱）、南紅瑪瑙、戰國紅瑪瑙、冰糖瑪瑙、北紅瑪瑙、綠瑪瑙、紫綠瑪瑙、鹽源瑪瑙、纏絲瑪瑙、火瑪瑙、戈壁瑪瑙、葡萄瑪瑙、狼血瑪瑙、新疆和田瑪瑙籽料、蟲瑪瑙等。
瑪瑙石有自然色的，也有後加工染色的。瑪瑙的自然色很豐富常見的有如下幾種顏色：
（1）紅瑪瑙：紅是瑪瑙的壹種主色，壹般瑪瑙呈褐紅色、醬紅色、黃紅色。有些瑪瑙顏色表現不均勻，像南紅瑪瑙，其內部就有紅色的點。
（2）藍瑪瑙：以淡藍色為主，色較深時透明度較差，有時在藍色瑪瑙中分布壹些其他色彩鮮艷的紋帶。
（3）綠瑪瑙：天然產出的綠瑪瑙少見，優質者更為罕見，價格也相對提高。
（4）紫瑪瑙：紫色瑪瑙較為少見，紫色有深有淺，其中以葡萄石最多，這類瑪瑙質地較粗，常常為半透明狀，但內蒙狼血瑪瑙紫色較為細膩。
（5）黑瑪瑙：以黑色為主，微帶青色或灰色，多數為半透明狀。
（6）白瑪瑙：呈乳白色或淺灰色，常與無色透明狀瑪瑙構成同心紋狀、條帶狀。中間常有石英夾層。
（7）灰瑪瑙：為深灰色、淺灰色或青色，有的具有不明顯的同心條帶，內部常有石英夾層或砂心。
（8）黃瑪瑙：通常為淡黃色、橘黃色、褐黃色及淺黃色，有時與粉紅、淡紅、淡灰色瑪瑙夾層構成美麗的紋帶。
後期染色的瑪瑙通過紅外光譜就能鑒定。
瑪瑙肉石