甄嬛傳43集講述了甄嬛知道自己是純元皇後的替身。
除掉華妃之後，陵容向皇後說起皇帝稱甄嬛為“菀菀”壹事，皇後感到甄嬛帶來的威脅，因為“菀菀”是已故純元皇後的小名，甄嬛的封號也是由此而來，心生妒意。
皇後唆使祺貴人讓其父瓜爾佳鄂敏在前朝挑撥皇帝與甄遠道之間的關系。鄂敏奏報皇帝，甄遠道家中有文字獄主犯錢名世的詩集，皇帝心生芥蒂。皇帝本性多疑，在皇後的唆使下，察覺到甄嬛愛讀政要史書，內心不悅，有意疏遠。
皇帝為了制衡各方勢力，對平亂有功的臣子並未賦予太多實權，對功臣之女也並不十分寵愛，但也不冷落，太後贊賞皇帝的做法，皇帝再次提起隆科多之事，並希望皇額娘不要幹政。冊封禮前，甄嬛發現禮服有破損，便草率地穿著內務府送來的替代禮服前往受禮現場。
皇後當場指認甄嬛身上的衣服系已故純元皇後的舊衣，皇帝更是錯認甄嬛為純元；皇帝被揭破秘密，尷尬惱怒，指責甄嬛冒犯純元皇後，將其囚禁於碎玉軒，非召不得出，日常份例皆按答應的標準，並下令杖斃了內務府總管姜忠敏，就連當初做過甄嬛教引姑姑的芳若也被打發到了太後身邊。
甄嬛始知自己原來壹直都是純元皇後的替身，徹底心碎。眉莊冒死奔走於皇後與太後宮中為其求情，但兩宮都不願意出面幹預此事。