皇藏峪的古樹有：青檀、櫟樹、黃檀、刺槐、杜梨、黃連木、古青檀、瓜子黃楊等。
皇藏峪屬暖濕帶落葉闊葉林區，有地球同緯度保存最好完好的落葉闊葉林帶，據不完全統計，皇藏峪植物群落中現存名貴樹種199種，百年以上的古樹名木有1000多棵，其中千年以上的有300多棵。
最古老的樹是壹棵距今3500年的青檀樹，森林植被種類以華北植物區系成分為主，同時混有相當數量亞熱帶樹種。皇藏峪裏，千年古樹名木隨處可見，以古青檀群落、櫟樹群落、南京椴群落最為出名。
皇藏峪的古櫟樹群落主要分布在塔林，整個群落占地約有130公頃，有千年以上古櫟樹470多棵。南京椴，為我國特有稀有樹種，由於自然植被的破壞，已不易找到，在皇藏峪自然保護區皇藏洞至拔劍泉壹線，有大小190多棵南京椴，平均胸徑40厘米，高度在15米以上。
此外，在皇藏峪百斤崗和龍崗山南大約9.17公頃的山坡上生長著大量的黃連木，平均胸徑為26厘米，樹高13米左右，與黃檀、刺槐、杜梨等樹種形成落葉闊葉林群落。
皇藏峪的頑童攀古樹，集天地之靈氣，吸日月之精華，長成人體形狀，很像壹個光屁股的兒童在向樹洞掏鳥窩。千年古樹石破天驚，樹齡約1700年，高約19米，胸徑49厘米，特點：千年古青檀生於石縫之中，樹基報吞巨石，樹石相互支撐，令人驚嘆。
位於瑞雲寺大雄寶殿前瓜子黃楊樹齡約有1500年。俗話說“千年不大黃楊樹”，瓜子黃楊是壹種常綠灌木，生長極為緩慢，壹年只長壹寸，俗稱“千年矮”。
瓜子黃楊能長成大樹世間罕見，這麽古老的瓜子黃楊，在華夏大地上僅有三棵：壹棵在北京故宮皇帝家，壹棵在山東曲府聖人家，另壹棵在安徽皇藏峪僧人家。