模體是介於二級結構和三級結構之間的壹個層次，模體的層次接近二級結構。
領域是介於二級結構和三級結構之間的層級，領域的層級接近三級結構。
2.不同的獨立性:
領域是獨立穩定的。
母題不是獨立穩定的。
3.蛋白質的結構是不同的:
模體是生物學中基於數據的數理統計模型，是特定群體的序列預測。對於蛋白質，基序可以定義為屬於給定蛋白質家族的蛋白質(蛋白質序列)。
結構域是壹種結構實體，通常代表蛋白質結構中獨立折疊和驅動功能的壹部分。因此，蛋白質往往是由這些結構域的不同組合構成的。
4.不同的組合形式:
模體通常是螺旋-環-螺旋，β折疊的組合，和α螺旋的組合。
域通常是球形壓縮區域或纖維狀壓縮區域。