櫻田純，是壹名不願上學而長期不出家門的中學生，熱衷於上網購物，喜歡在購買物品後的退貨限期內退回物品。有壹天收到壹封自稱是人工精靈崛江的來信，上面只寫壹個「上發條還是不上發條」的選項，在好奇心驅使下選擇了「上發條」，之後房間就出現了壹個沒有署名的神秘皮箱，裏面裝著壹個非常美麗而且質感近似真人的少女人偶（即薔薇少女之壹的真紅）。當純使用木箱內的發條轉動背部的開關後，人偶像有生命般的活動起來，對純說：「我是真紅，薔薇少女第五人偶。」正在這時，突然了出現被神秘人操控的小醜布偶，在生命受到威脅的緊急情況下，純雖萬般無奈還完全搞不清楚發生了什麽事，卻也只能糊裏糊塗地成為了真紅的媒介，結下了主仆關系。之後，壹個個結下類似契約的人類和人偶出現在純和真紅面前，稱為Rozen Maiden（薔薇少女） 的人偶們的戰鬥就此展開了……