改編自高橋和樹的漫畫《遊戲王》(第8~38卷)，故事以卡怪和七個千年神器的決鬥為背景。但是因為漫畫的故事進度跟不上壹半，所以大量插入了漫畫裏沒有的情節和人物。這就為獨立於原著寫故事奠定了基礎。
遊戲背景
壹個神秘的視頻，千年神器中千年之眼的主人貝卡斯·J·克羅佛多在視頻中用黑暗決鬥挑戰武藤遊戲，但是武藤遊戲因為時間的終結而戰敗，武藤雙六的靈魂被千年之眼的力量封印在靈魂封印卡中(漫畫版是貝卡斯發給遊戲的視頻)。
武藤遊戲為了拯救靈魂被囚禁的爺爺，前往決鬥者的王國尋找貝卡斯，與彼此信任的朋友和心中的另壹個人並肩作戰。