蜂蜜保存宜放在低溫避光處。由於蜂蜜是屬於弱酸性的液體，能與金屬起化學反應，在貯存過程中接觸到鉛、鋅、鐵等金屬後，會發生化學反應。因此，應采用非金屬容器如陶瓷、玻璃瓶無毒塑料桶等容器來貯存蜂蜜。
蜂蜜在貯存過程中還應防止串味、及濕、發酵、汙染等。為了避免串味和汙染，不得與有異味物品(如汽油、酒精、大蒜等)腐蝕性的物品(如化肥、農藥、石灰、堿、硝等)或不衛生的物品(如廢品、畜產品等同儲存)。
蜂蜜的保存期目前國家規定瓶裝蜜保質期18個月。但封蓋成熟濃度高的蜂也能保質多年。但吃蜂蜜新鮮為好，因新鮮蜜壹般色、香、味口感較好。