費利佩二世手中的武器包括他個人的收藏，但更重要的是他父親卡洛斯五世皇帝的收藏，在卡洛斯五世和費利佩二世皇帝的時代，幾乎所有能鍛造和加工貴重武器的作坊都在西班牙君主的統治之下。他們收藏的武器構成了今天皇家武器博物館的核心，後來的繼承者們不斷豐富了收藏的內容。
皇家武器博物館從建造之初，就和以後壹樣，沒有壹定的收藏標準，不僅包括個人武器，還包括軍事戰役勝利後的紀念品。在這期間，來自美國的武器尤其值得壹提，它們是美國發現和殖民歷史的見證。