該博物館以香港的自然歷史和人文歷史為基礎，重點展示香港6000年的發展歷程。展覽分為三個部分:
(1)介紹香港的自然環境；
(2)出土文物、古代石刻和古窯址反映香港的人類活動；
(3)展現了香港從壹個小漁村到大都市的發展過程。本集共45000余件，分為考古、地方史、民間史、自然史四大類。考古收藏中，有著名的麥趙涵神父收藏和芬代裏神父收藏，地方誌收藏以歷史圖片為主，最早的圖片拍攝於19的60年代；在民間歷史收藏方面，有中國傳統的漁船模型、漁具、傳統農具、日用器皿；自然歷史藏品主要是世界各地的巖石和礦物，以及香港常見的蝴蝶和軟體動物貝殼。