美空軍在1994年曾經批準其重新服役。但到了1998年，國會卻未批準其使用經費。SR—71的使用費用高的驚人，是其將退役的主要原因之壹，盡管就連美國國會議員也有人認為它仍然是壹架尚無其它飛機可以代替的戰略偵察機。但還是無法阻止他退役的腳步。在美國空軍提交的任務預備狀況的請求陳述中，曾提出兩架從頭服役的SR—71A按每月30天計算，每月所需費用為3900萬美元的預算。不僅如此，美國空軍還打算對其進行現代化改裝，如改進它的偵察設備和雷達系統，裝備衛星全球定位系統等，這些都需要極大的投資，所以美國國會未批準這些投資打算。
現在的SR—71A除了少數被封存外，大都是直飛其永久的歸宿地——各大型博物館或公園，作為壹代名機的代表作供遊人觀賞。