蟲草的儲藏要點是防潮、防蛀和防蟲。如果量很少，而且儲藏時間也很短的話只需要放在陰涼幹燥的地方就行了。或將其與花椒或丹皮放在密閉的玻璃中，置冰箱中冷藏，隨用隨取。如果量大或者需要放置較長時間最好放蟲草的地方放壹些矽膠之類的幹燥劑，因為，剛買來的蟲草都有些潮而且久置容易發黴、生蟲。
蟲草受潮後要化苗，即蟲體成空過殼，捏後變扁，但蟲草質量降低。若用白酒噴撒蟲草(每千克用250ml酒)，噴後再噴水，用硫磺熏，可保幾個月不化苗。發現蟲草受潮後，應立即曝曬。若生蟲，可用硫磺熏之，或用炭火微微烘焙，事後篩去害蟲蟲體與蛀屑。蟲草保存不宜過久，過久則藥效降低。
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