許多材料可以用來制造運輸箱，其中塑料，瓦楞紙板或Correx是常用的。其他不常用的材料包括木材、中密度纖維板(MDF)、金屬和玻璃纖維。其中，塑料和玻璃纖維質地堅硬，不易彎曲，經久耐用，常被用作制作可重復使用的運輸箱的材料；瓦楞紙板和雙壁聚乙烯板相對便宜，容易丟棄，因此通常用於制作不可重復使用或不耐用的運輸箱。瓦楞紙板運輸箱常用於實驗嚙齒動物的短途運輸。紙板的內表面可以用塑料或蠟覆蓋，以保護容器免受尿液損壞和泄漏。
需要控制微生物的運輸箱通常有通風孔，上面覆蓋著某種形式的過濾材料。孔徑大小根據過濾程度的要求和有效去除空氣中微生物(尤其是病毒)的能力來確定。必須了解，過濾材料會降低運輸箱中的通風(高達70%)，尤其是在潮濕的情況下。應通過控制其他條件進行補償，如包裝密度、運輸箱設計和總體通風時間。過濾器運輸箱還需要提供觀察窗，以監控運輸過程中的動物狀態。當運輸某些動物物種時，如SPF動物，發貨人應遵守特殊運輸箱的要求。