1、內容不同：醫林改錯是明代醫學家李時中所著的壹本醫學經典，***分為三卷，這本書主要總結了前代醫家的醫學經驗，提出了很多治療疾病的方法和藥物方劑，被譽為醫家必讀之書，濟世良方是清代醫學家吳昆所著的壹本醫學經典，***收錄了2000余首方劑，這本書主要介紹了各種中藥方劑的配伍和應用，著重強調了方劑的實用性和臨床應用。
2、特點不同：醫林改錯特點是理論較為嚴密，註重理論的邏輯性和系統性，而特點是方劑應用廣泛，適用範圍廣泛，對於臨床治療有很大的實用價值。