主角可以在劇情中得到妙蛙種子、小火龍和傑尼龜，也可以通過模仿動畫版的劇情從特定的NPC中得到他們。
有些道主的寶可夢是根據同行寶可夢的動畫版來變化的，所以也出現了只派壹個寶可夢上場的情況。
寶可夢道觀:寶可夢皮卡丘，八城設道觀。每個道觀都有自己的道觀主人，妳可以根據劇情依次挑戰每個道觀。
四大天王:劇情中的終極目標是挑戰四大天王和冠軍。
寶可夢:三個版本都有151寶可夢，夢是森本茂樹在開發結束前兩周臨時添加的，所以無法捕捉。