國家實物地質資料館收藏的巖心、標本皆為專家按“典型性、代表性、特殊性和系統性”的原則篩選出來的。這裏匯集了來自全國範圍內不同成礦區（帶）、不同成礦類型、不同構造區劃、不同變質區（帶）具有代表性和典型性的巖心與標本，以及青藏高原（熱門地區）的區調標本和大陸深鉆（科鉆壹井）的巖心，初步形成了以 “青藏高原25萬區調標本薄片”和“全國典型礦山”為主體，以“科鉆壹井”和“金釘子”剖面標本為精品的國家實物地質資料庫藏體系。
“十壹五”期間國家實物地質資料館***接收實物資料189 份，包括巖心300孔， 150745米；巖屑 9005 袋；手標本10992塊，包括室外大型標本157件；薄片25221件；副樣184件。還采集接收了 “金釘子”剖面標本、重要古生物化石、境外礦產勘查巖心與典型礦石標本等。