(1)票卡成本相對較高，雖然可采用回收重復使用的模式，但其帶來要對客票進行消毒處理、提供報銷憑證、回收客票後各站對其清空與分配的問題，給運營單位增加了負擔。
(2)自動售檢票系統要頻繁地對磁卡車票進行接觸式讀寫，不可避免地要每天投入大量人力物力對磁頭進行消磁和除塵清洗。
(3)由於磁卡車票的自動售檢票系統設備需要較為精密的傳輸機構，接卸結構復雜，精密度要求高，因而設備造價較高，對維護人員的素質要求也較高。另外，由於機構動作頻繁，造成機械磨損後的維護成本較大。
(4)磁條的讀寫次數有限，當磁卡使用到壹定次數後，就會對磁條的讀寫產生影響。幹議(5)磁卡使用中容易受到諸多外界磁場因素的幹擾而導致其存儲內容改變。全3
(6)由於密鑰隨票攜帶，極易被拷貝偽造，特別是現有的安全技術已經難以滿足越來越多的對安全性要求較高的應用需求。