抗生素具有非常好的抗菌殺菌作用，能有效抑制肺部炎癥。然而，經常使用抗生素對健康不利，尤其是對新生嬰兒。常用的抗生素有紅黴素、青黴素和頭孢菌素。
主要適用於危重患兒。當他們的呼吸功能衰竭時，他們需要通過機器吸入足夠的氧氣。
如給嬰兒輸新鮮血液或血漿，靜脈滴註補充體內葡萄糖等。
中醫治療新生兒肺炎，最重要的方法是口服相應的藥物。中醫可以解決內熱外寒、溫邪犯肺、燥邪傷肺、濕熱郁肺等問題。不過除了吃中藥，家庭護理也是不可或缺的。