彈珠不見了:孩子們經常把彈珠汽水的彈珠拿出來玩，發展出很多玩法。玻璃彈珠已經成為孩子們的普遍收藏。沒有彈珠，店家回收起來相當麻煩，直徑只有1.5 cm左右的彈珠，可能會被幼兒吞食而窒息。
空瓶不好清理:有的人喝完彈珠汽水後把煙頭、吸管、檳榔渣等異物放入空瓶，瓶身中部凹陷，被壹顆彈珠擋住，清理起來更加困難。
影響口感:有些消費者覺得喝了大理石汽水後，再喝雪碧或其他類似飲料，會覺得淡而無味，甚至像喝白開水壹樣。但是這種感覺過壹段時間就會恢復正常。