使用支付寶支付公交掃碼時，需要保證電子公交卡有足夠的余額或可用次數，同時需要確認使用的電子公交卡是否與當前公交線路匹配。此外，使用支付寶進行公交掃碼支付時，需要註意保護個人隱私和支付安全，規避個人信息泄露或被網絡詐騙的風險。