民國時期，這些極具史料價值的檔案經歷了種種磨難。解放前夕，國民黨政府將大約40萬件明清檔案運往臺灣省。在那裏，檔案保護得很好，有專人整理研究。解放後，新中國政府將故宮博物院文獻庫改為檔案館，直屬檔案局管理。50年代，檔案館把留在異地的明清檔案全部收回北京。
我國明清檔案約有10萬份。