有些月餅不適合在常溫下直接存放，比如有冰皮的月餅。這種月餅容易腐爛，最好放在冰箱裏保存，需要用保鮮膜包裹。冰箱的溫度要控制，不能太低。
但除了冷凍月餅、鮮肉月餅等月餅的特殊性質外，其他大部分月餅都不宜放入冰箱保存，因為在低溫條件下，澱粉會變得老化，使月餅變硬，口感變差。
月餅是糖果。這種食物味道很濃，對蟑螂、老鼠等很有吸引力。因此，存放月餅時，必須防止老鼠和蟑螂。它們需要隔離存放，不能隨意存放，以防月餅受損或被汙染。
月餅可以和壹些氣味比較濃的東西放在壹起存放，比如陳皮、辣椒，因為這種東西本身就有壹定的防蟲作用，所以放在壹起存放可以防止月餅被損壞或汙染，延長月餅的保質期。