冷凍3個月以內大部分是可以食用的。冰箱的低溫環境，不利於細菌的滋生，可延緩木耳變質，因此可以延長泡發木耳的保存時間，冷藏時有利於保持木耳的營養價值，冷凍時木耳內的營養成分會受到影響，而且口感也不佳。
但如果長期冷藏存放超過48小時，或放置時沒有做好密封處理，木耳極易變質。泡發的木耳內富含的糖、脂、蛋白質、水分等，也為細菌的繁殖提供了營養基礎，久置易於細菌滋生。木耳表面長期潮濕易被椰毒假單胞菌汙染，研究發現該細菌可在培養24-48小時後產生米酵菌酸，而米酵菌酸是壹種細菌內毒素，是致死率最高的細菌毒素之壹。木耳在冰箱內保存並不能殺死椰毒假單胞菌，壹旦汙染，大量進入人體後可產生米酵菌酸毒素，其可引起全身多臟器衰竭，死亡率很高。鑒於該細菌產毒時間，所以泡發後木耳最好不要超過48小時食用。
木耳作為壹種營養價值極高的菌類，在食用時建議泡發好後即食，既可以保證口感及營養價值，又有利於健康。