主要區別是，產地不同、工藝不同、特點不同，具體如下：
壹、產地不同
1、永子
雲南省保山市古稱永昌郡、永昌府，永昌所產的圍棋被世人冠以“永昌之棋” 和“永昌棋”，現今亦稱之為“永子”。
2、雲子
由雲南圍棋廠註冊生產的“雲子”商標。
二、工藝不同
1、永子
白子富含南紅瑪瑙，黑子富含玉石翡翠，多種珠寶礦石原料經過比例調配後，經上千度高溫融化，後再進行手工滴制。棋子大小、厚薄、圓形靠工匠傳統手工點“丹”而成。
2、雲子
雲子系以瑪瑙石、紫瑛石合研為粉，再加上紅丹粉、硼砂等配合壹起熔煉。傳統老雲子的工藝精細復雜，其中配方、火候、點子的手藝都是影響質量的重要因素，毛坯經過打磨成為大小壹致。
三、特點不同
1、永子
歷史厚重、原料珍貴、工藝獨特、質堅色潤。
2、雲子
棋子質地細膩如玉，色澤晶瑩柔和，堅而不脆，沈而不滑。
以上內容參考?百度百科-永子
以上內容參考?百度百科-雲子