震旦博物館的收藏以中國古代器物為主，涵蓋了佛教造像、玉器、陶瓷器及畫像石刻等多個門類的數千件藏品，並有相關的研究參考品、拓片、出土實物照片等珍貴資料。與此同時，震旦博物館五樓的圖書資料室收藏了豐富的文博專業書籍，其中保有大量的英文及日文善本資料，目前以預約的方式為專業人士提供閱覽服務。