《本草綱目》的手稿沒有流傳下來，目前可見最早的只有明萬歷二十四年（公元1596年）金陵書商胡承龍所刊印的初刻本。
現存世之初刻版本***7部，其中5部收藏於國外，國內僅有2部，分別藏於北京的中國中醫科學院圖書館及上海科學技術出版社。