雖然此時的日本已經不指望贏得戰爭，但他們認為，如果能在決戰中給盟軍造成最大的損失，很可能會迫使對方簽訂某種形式的停戰協定，而不是徹底投降。
1945年2月，日軍任命第壹艦隊司令、裕源中將為第五航空艦隊司令。第五航空隊在之前的沖繩戰役中被分配執行“神風”自殺式攻擊任務。此時九州防衛作戰在即，艦隊開始負責訓練飛行員和組裝作戰飛機。
到戰爭結束時，日本的防禦變得越來越依賴於神風特攻隊的攻擊。除了戰鬥機和轟炸機，幾乎所有的教練機也被分配到特攻隊，企圖以量補質。到1945年7月，日軍可用飛機已超過10000架，而且數量還在增長。日本計劃使用所有能接近盟軍艦隊的飛機進行自殺式襲擊。裕元還監督生產了數百艘自殺式攻擊艇，它們將負責攻擊九州海岸附近的任何盟軍船只。
沖繩戰役，日軍投入近2000架飛機進行自殺式攻擊，命中成功率約為9:1。九州防守的時候，情況大概會好壹點——依靠更大的神風機群進攻，或者幾個小時就能達到6:1的命中率。日本方面估計有400多艘盟軍船只被擊沈，運輸船只是主要目標。這樣的戰術方針意味著盟軍將可能付出極其慘重的傷亡，有專家甚至預測，登陸部隊的三分之壹到壹半將被神風特攻隊消滅在海上。
到8月1945，大日本帝國海軍已經基本喪失戰鬥力。主戰艦艇只剩下6艘航母，1艘戰列艦，4艘巡洋艦，油料短缺。小型艦艇數量雖多，但也受到燃料不足的嚴重限制。這樣的軍事力量“在壹場海戰中可能能夠抵擋20艘驅逐艦和40艘潛艇。”」
此外，日本海軍還擁有350艘侏儒潛艇、1000枚載人魚雷和800艘自殺式攻擊艇。
在任何反登陸作戰中，指揮官有兩個選擇——灘頭防禦或縱深防禦。在戰爭初期，如塔拉瓦戰役，日軍采用的是第壹種戰術:全力防守灘頭陣地，不為後續戰鬥留下壹兵壹卒。這種戰術後來被證明對登陸前的支援炮擊非常脆弱。到了戰爭末期，如帕勞戰役、硫磺島戰役、沖繩戰役，日軍開始改變戰略，將兵力放在易守難攻的地形區域，而不是壹味地確保對灘頭的控制。這種戰術把登陸戰變成了消耗戰，大大增加了美軍的傷亡率。
對於九州的防守戰，日軍采取了妥協策略，即只將防守部隊撤退到離岸邊幾公裏的地方。這樣既能避免盟軍艦艇的炮擊，又能使其登陸部隊因空間狹小而難以建立有效的立足點。反擊部隊部署在更靠後的地方，以便壹旦開戰，迅速支援壓力最大的壹方。
1945年3月，日本在九州只有壹個戰鬥師。在隨後的四個月裏，從滿洲、朝鮮和北日本等地調集了大量軍隊。到8月，駐九州部隊已達14師，3個坦克旅，90萬人。雖然不缺兵力，但裝備捉襟見肘。到戰爭結束時，日本的總兵力是64個師，但只有40個師有足夠的裝備，其中只有30個師有足夠的彈藥。
雖然軍事部門還沒有正式決定在九州保衛戰中全力以赴，但他們投入的兵力和資源實際上是他們的全部。例如，日本多達40%的彈藥分配給了部署在九州的部隊。
除了正規軍，日本還組織了2800萬人的國民誌願軍戰鬥隊，包括15歲至60歲的任何健康男性和17歲至40歲的女性。戰鬥隊的任務包括戰鬥支援，最終將直接參與戰鬥。他們缺乏訓練，缺乏制服，裝備也很差:有些人只有火槍、弓箭甚至竹刀和槍，更不用說制服了。
到了國內決戰的時候，日本是抱著“以人命取勝”的戰略思想，所以肯定需要空前的民兵來充當正規軍的肉盾。更何況，壹旦真的把民兵投入戰場，美軍絕對不會手下留情:過去日本也曾組織平民實施過自殺式襲擊，所以如果美軍真的登陸日本，壹定會把所有日本人，不管是戰鬥人員還是非戰鬥人員，都當成敵人來打擊。無論如何，2800萬人的民兵數量，對於拼死拼活的日本來說，顯然是太少了。
因此，壹旦真正的“本土決戰”真正打響，日方可能會招募大量家庭主婦或女學生等不適合作戰任務的人充當炮灰。美國軍事歷史學家理查德·b·弗蘭克(Richard B. Frank)在《衰落行動——日本帝國的終結》壹書中記錄了日本當局招募女高中生的行為:
壹名被招募的高中女生，科西·段麗陽，得到了壹把錐子，並被告知:“即使妳能殺死壹名美國士兵，妳也能做到。.....妳必須瞄準他的腹部。[1] 」