從65438到0997，為了改變球隊的打法，俱樂部開始堅持聘請外籍教練，包括帶領球隊打進世界杯決賽的拉紮羅尼、伊利亞·佩特科維奇等教練，以及獲得歐洲冠軍杯的柳普科·彼得羅維奇。但在此期間，申花未能壓倒當時國內足壇的霸主大連，最終僅獲得4次聯賽亞軍和1次足協杯冠軍。
2002年，俱樂部產權第壹次變更。以上海文光集團為首的上海6家大型國企接手俱樂部，重新聘請徐根寶擔任主帥，並新增杜威、於濤、孫祥等年輕球員。
2003年，申花以壹分之差壓倒世界，奪得了聯賽改革前的最後壹個中甲聯賽冠軍。
在2007賽季開始之前，另壹支中超球隊上海連城的投資者朱軍收購了申花俱樂部，將兩支球隊合並，並將俱樂部更名為上海申花聯盛足球俱樂部。
2008賽季中期，賈秀全接替吳金貴成為執行教練。換帥後球隊打了多場驚心動魄的比賽，包括兩場0-2的勝利，聯賽最後壹輪，球隊兩度領先卻錯失奪冠機會，最終無緣冠軍，獲得十五年第八次亞軍。
賽季結束後，俱樂部宣布賈秀全留任，並在全球招募技術總監和總經理，備戰2009年聯賽和亞冠。其中技術總監壹職首次出現在中國足壇，最終由前埃因霍溫技術總監、前荷蘭國腳福爾克斯擔任。俱樂部總經理是2007年的烏拉圭前主教練吉梅內斯，申花成為中國足球歷史上第壹家聘請外籍總經理的俱樂部。
2009年，申花繼續聘請賈秀全擔任球隊主教練。外援方面，引進了白俄羅斯球員維亞切斯拉夫赫萊布和入選澳大利亞國家隊的馬克·米利甘。可惜球隊整個賽季戰績起伏不定，始終徘徊在8和4之間。雖然聯賽最後壹輪申花主場2: 1戰勝長沙金德，但遺憾的是積分依然沒能超越山東魯能，最終只能排在聯賽第五，無緣下賽季亞冠。
2010申花聘請曾帶領克羅地亞進入世界杯四強的名帥布拉澤維奇擔任球隊主帥。同時引進了吳、馮、宋博軒等壹批年輕球員，打造了壹支年輕化的球隊。在布帥的帶領下，申花青年軍整個賽季都打得不錯。聯賽前半段壹度排名積分榜第壹，最終賽季末獲得第三名，並獲得2011賽季亞冠資格。與此同時，申花的外援前鋒裏亞斯科斯也以20球獲得了賽季最佳射手的榮譽。
2011，本土教練Xi智康出任申花主教練。同時，他在球隊建設上延續了上賽季的思路，繼續註重培養年輕球員。賽季初申花壹度占據聯賽前三，靠的就是幾名小將的出色表現和兩名外援前鋒的連續進球。可惜的是，宋博軒和邱天壹相繼重傷，球隊也遭遇了壹系列不敗，戰績壹路下滑。聯賽中期，申花聘請了上賽季的球隊助教貝塞克擔任主帥。最後幾輪聯賽，申花找回狀態，主場幹掉杭州綠城和北京國安，最終以11的名次結束了2011賽季。