源於子姓，出自唐朝時期江南道觀察使林正，屬於帝王賜姓改姓為氏。辜氏始祖為林正，字達中，生於隋煬帝大業六年(公元610年)，原姓林，為殷商比幹之子林堅的後裔，閩晉安林氏始祖林祿之十三世裔孫林孝誠(字允謙)之孫。其家世居福建莆田太平村永定裏(今福建莆田尊賢裏北螺村)。林正在二十二歲中舉人，在唐太宗李世民貞觀八年(公元634年)甲午科進士及第，授江南道觀察使(轄今浙江、江西、湖南等地)。林正在任期間勵精圖治、興學校、除苛政、廉正愛民，是應貞觀之治。
唐貞觀十五年(公元641年)，江南道大旱，民不聊生。林正憫民饑苦，不及稟奏朝廷，便毅然下令開官倉放糧賑濟饑民。當地豪紳乘機構陷，事聞於朝，唐太宗起初大怒，詔令將林正逮捕下獄法辦。江西百姓聞訊，不忍林正蒙受冤屈，聯名上萬民表與朝廷，代其辯冤。唐太宗派人調查，方知林正真的是個清官，是壞人對他羅織構陷，便即下詔放林正出獄，並傳他上京陛見。陛見之後，唐太宗先對林正進行壹番撫慰，又自我檢討，說：“卿乃無辜受罪，今賜卿姓為‘辜’。”唐太宗雖然賢明，但仍脫不了動不動就給臣屬賜姓的習慣，不過以往都是對有功之臣賜以李姓以表示親近。這壹次，因為林正差壹點無辜喪命，因此就賜他以辜為姓，昭其“辛苦”之德，合二字為壹，是為“辜”氏，是為該支林氏辜姓的始祖。在起初，大家還是以“辜林”稱呼這個新生的姓氏，對林正也是以“辜林正”稱呼之，後來就幹脆把林字去掉了。林正成為辜正，成為辜氏得姓始祖。帝王賜姓，全族榮耀，因此該支林氏家族皆改為辜氏，世代相傳至今。
辜正告老後，沒有回莆田老家，而是繼續定居於江西南昌地區。在他逝世後，當地百姓為其建嘉德祠以表懷念。辜氏族人大多尊奉辜正(林正)為得姓始祖。
第二個淵源
源於媯姓，出自宋朝時期福建廈門同安陳氏漁民，屬於避難改姓為氏。該支辜氏先祖本姓陳，世代在福建廈門同安捕魚為生。到陳敦源時，因酒醉失手傷人，為避官府緝拿，攜帶家眷遠渡南洋，最後在馬來半島的檳榔嶼落戶，成為伐榛辟莽、開墾這塊蠻荒之地的華人前驅，旅居時間比英國人還早。
事過境遷，陳敦源痛定思痛，罪疚之心難以釋懷，於是幹脆改姓“辜”，以示悔罪之意，從此傳下壹支辜氏家族。在辜敦源(陳敦源)的後裔子孫中，有清末民初擁有十三個博士頭銜的著名北京大學教授辜鴻銘。
第三個淵源
源於官位，出自西周時期祭祀執疈辜，屬於以官職稱謂為氏。執疈辜，簡稱執疈、或執辜，是西周初期就設有的壹種官職，專職掌管在盛大祭祀活動中對犧牲的處置，隸屬於春官府司管轄。“辜”，在古代祭祀時分裂牲畜肢體的過程就稱作“辜”，也就是“磔”；而“疈”，則是剖開牲畜身體的過程，與“副”的含義是壹樣的。因此，執疈辜實際上就是官家屠夫的官稱，只不過執疈辜只負責宗室祭祀活動中的牲畜宰殺、處置，並按規定和要求將牲畜的各個部位予以剖解，安置在祭祀臺上的指定位置。這在典籍《周禮·春官·大宗伯》中有記載：“以疈辜祭四方百物。註：疈，披牲胷也。疈辜，披磔牲以祭也。”
執疈辜這壹官職多為其後裔子孫世襲，很早即有以其官職稱謂為姓氏者，且非常受社會上人們的尊畏，稱執疈辜氏、執疈氏、執辜氏，後皆省文簡改為單姓執氏、疈氏、辜氏、宰氏、屠氏等，世代相傳至今，是非常古早的姓氏之壹。