從1998上網至今，馬伯庸發表了大量的評論、雜文、歷史科普、幽默小品以及壹些中短篇小說，內容涉及科幻、奇幻、歷史、靈異、推理、動漫等領域。他的壹些作品，比如來自機器貓的階級鬥爭的殘酷性，寂靜的城市，冰冷的仙境，世界末日——他的文筆充滿了奇思妙想，也很和諧，但不嚴肅，和諧而不油。作品情節輕松有趣，甚至有點惡搞，但往往有詳實的資料支撐。
2005年，馬伯庸開始寫小說，處女作《龍溪風起》是壹部以三國為背景的諜戰小說。他把真實的史料和推理的懸疑結合起來，在不歪曲、不破壞史料的前提下，描繪普通人的真實生活。愛他的讀者會把《風在隴西》《風波》馬伯庸的代表作，如《三國誌秘笈》，歸為“考證懸疑文學”，也有人認為是“歷史可能性小說”。其中《風雨》獲得2010人民文學獎。
2012年，馬伯庸寫了新作《麻將的古董親密接觸》，講述了壹個家族1000多年來保護國寶的過程，也獲得了很多新讀者的青睞。同年，馬伯庸完成了他的第壹次簽售會，走訪了中國七大城市的書店和大學校園，與讀者見面。馬伯庸的講座受到各國讀者特別是年輕人的熱烈歡迎，每次活動都座無虛席。馬伯庸在微博回應了讀者的熱情:“我發現我其實沒有粉絲——粉絲是壹種單向的崇拜，參加活動的朋友更像是和我有多年默契的朋友。他們辦簽證的時候總想欠我的，我會想辦法還。雖然要簽很多字，但我總是很開心，很好玩。”
馬伯庸的另壹個特點是他的“笑話”寫作。自從馬伯庸開通新浪微博以來，他創建的大量微博受到了眾多網友的喜愛。其中歷史題材的幽默小品在網絡上迅速走紅，使得馬伯庸在網絡上的知名度和號召力與日俱增。他也成為了新浪微博歷屆“微小說大賽”的評委。目前，馬伯庸的新浪微博粉絲還在以每天近千人的速度增長。