據清代記載，順治三年六月二十日，浙閩巡撫張存仁報告，副都督張國勛等太湖造反派被捕，偽大學士、吳日升、長興伯、校長倪等被俘。我聽了這話，就下令將應時斬首，並讓他手下的士兵接受檢閱。"蔣《東華錄》卷五，"順治三年(六月)，浙閩巡撫張存仁奏報，副都督張國勛赴太湖剿賊，長興伯吳日升、主犯倪皆被擒。偽大學生馬士英潛入新昌縣山區，眾人追到泰州。馬士英將軍葉承恩等人投降，並報告馬士英被剃度為僧。在唐、魯政權下，幾乎成了過街老鼠。他並沒有因此而倒向清方，而是以反清的實際行動，盡力改變自己過去的不良形象。清代檔案證明，馬士英曾多次參加渡江進攻余杭、富陽和杭州的戰鬥。1646年6月，浙東大敗，馬士英逃到四明山，在那裏被削為僧，被俘後死去，實在難能可貴。
各種檔案，同時代的人都很清楚，馬士英被俘而死。黃宗羲等人不敢直接否認馬士英之死，但在《明史·馬士英傳》中寫道:
“士英和長興吳波日升都被俘虜了，他們都砍了它。這是國家歷史的問題..........................................................................................................................................................................找唐王順利。兵臨城下，尋得龍肩，、大成、邀王出關為內仆，遂殺、於延平城下。”
註意，馬士英之死是毫無疑問的，林東黨也承認是“國史”，但偏偏加了個“野史”，故意寫馬士英被俘後，大成、國安投降，暗示馬士英也同時投降。後來清廷發現馬士英、阮大鋮、國安有通敵文件，於是殺了投降的馬士英等人。殺人地點其實是福建省延平市(其實馬士英壹直都在浙江北部，跟福建沒什麽關系)。
林東黨員的流毒確實吸引了很多人，後世有人認為馬士英真的是被勸降害死的。比如謝國楨先生在《明清黨和社會運動考》壹書中直接沿用了投降論，說:“後來應時向清朝投降，也被殺了。”不管馬士英是不是漢奸，他都用自己的行動英勇地死在了明朝。至少我們不能否認這壹點。即使馬士英在他最糟糕的時候，他也不能讓他作為烈士被殺後遭受不公正的待遇。
事實上，馬士英不是唯壹被冤枉的人。當王朝崩潰時，大臣們殉難的有、和楊，其中和楊是林東黨內所謂的反黨人士。然而，兩人都是在南京城陷落時自殺的。尤其是楊，是壹同戰死的家人，而士英，他被指控殺妾潛逃，在家人戰死後被亂兵毆打致死。近年來，有學者根據明末清初多部野史的記載，考證出馬士英並非如《明史》所記載的，在南明弘光政權滅亡後死於清軍之手，而是隱居了20年，在江西青雲譜道源與八大山人度過了人生的最後6年。
馬士英終於在1646年出現在正史中。《明史·馬士英傳》寫道:“南明弘光死後的第二年，長興的世英和吳波雙雙被俘，被斬首。它有國家歷史。”據野史記載，馬士英出家後逃出生天，被清軍俘虜，但因與明軍有秘密關系而被殺。他死後，馬士英在歷史上失去了奸臣的汙名。
據權威的馬士英研究專家、江西省收藏家協會會長陳江先生說，馬士英並沒有被懲罰或殺害。他的考證是:南明弘光二年至清順治十八年，馬士英退位；清順治十八年，隱去南昌青雲譜道觀，康熙五年卒。
這壹說法無疑為馬士英增加了20多年的壽命，這在官方野史中是不存在的。這從何說起？陳江先生說，正是在對清初民間戲曲的梳理過程中，他發現了南明弘光二年至清順治十八年間馬士英的蹤跡。清嘉慶四年，華廣生編著《白雪公主的遺風》壹書，原著劇本，如馬堯草夫婦雙雙前來救駕，養育皇族，寫下秘史。“妖草”是馬士英的專用詞。通過對各種材料的質證，陳強得出結論:期間，馬士英是贛西逃犯，壹個新的隱喻，鳶簡氏家族；憑借這段秘史，《馬頭調》、《太子逃》、《藏舟》等戲曲突破和顛覆了清初官書《鄴城》對馬士英史料的封鎖和屏蔽，與流行的《桃花扇》唱反調。
清順治十八年，八大山人創辦的江西青雲譜道院出現了壹個叫“馬道人”的人。清康熙皇帝的《青雲譜人物傳略》中寫道:“壹個有禮貌的人...可六十歲了，四肢雄壯，是個留著胡子的人。”清代康熙《偶談赤備》卷二十五《談異事變鶴》載:“康熙初年，忽有大丈夫邀住，其貌甚瑰麗...無法預測。”幾句話，末代英雄、亂世英雄馬道仁逃到野人暫居之外的形象躍然紙上。陳江先生引用了他保密的馬道人的詩詞歌賦，以詩、誌、史的方式論證了這個“馬道人”就是馬士英。他認為，“這壹論點不僅戳破了明清正史、正史中‘馬死’的彌天大謊，也提供了馬士英晚年政治立場和思想的進化史壹瞥”。