2003年建立第壹個校史館，位於在2003年新落成的科大東區學生中心六樓。使用面積300多平方米。為科大建校45周年校慶而辦校史展。
校史展***分為三個部分：第壹次創業：國運所系，創新立校（1958—1969）；第二次創業：敢為人先，重新崛起（1970—1992）；第三次創業：追求卓越，再鑄輝煌（1993— ）。展覽以三次創業為主線，突出創新立校的重點，以時為經，以實為緯，力求形象展示學校全貌，再現科大波瀾壯闊的輝煌進程。
校史展***展出的各類實物、圖片和檔案史料600余件，為參觀者多角度、多層次地勾勒出學校四十五年發展歷史的立體畫卷，展品中既有建校以來各個時期的珍貴歷史照片，也有長期形成的鮮為人知的檔案史料；既有國家領導和著名人物的題詞手跡，也有部分知名校友在校學習的原始記錄；既有科學大師親手指導完成的本科生畢業論文，也有學校創建者郭沫若、嚴濟慈、華羅庚、趙忠堯、趙九章、錢學森等傑出人物的手稿。其中郭沫若校長的辦公環境和郭永懷“兩彈壹星功勛獎章”尤為引人註目。
2003年9月19日上午，在侯建國副校長主持下，校黨委書記郭傳傑、校長朱清時為校史館開館儀式揭幕。朱清時校長發表了重要講話。校友代表張雲崗發表了講話。學校首任化學物理系主任，“兩彈壹星功勛獎章”獲得者郭永懷遺孀李佩女士專程從北京護送 “兩彈壹星功勛獎章”來到安徽合肥，並將其贈送給中國科大校史館永久珍藏 。
其後，李佩女士與校黨委書記郭傳傑、首任校長郭沫若之女郭庶英、中國科學院力學所所長洪友士及海內外眾多校友隨後參觀了校史展覽。
安徽省省長王金山、省政法委書記孫金龍、省政府秘書長張俊、北京大學校長許智宏、清華大學校長顧秉林等參加東亞研究型大學協會第9屆年會的東亞各國著名大學校長亦於數日內光臨校史館。
之後，校史館多次成為“科教壹日遊”看點 。
新校史館
新館簡介
2008年，在紀念建校50周年之際，學校特新建校史館並舉辦校史展覽，以保存歷史記憶，弘揚優良傳統，彰顯成就，傳承文化，推動壹流研究型大學建設 。
9月20日，中國科大校史館（新館）正式開館。全國人大常委會副委員長、中國科學院院長路甬祥，全國政協副主席王誌珍，原全國人大常委會副委員長、原校黨委書記彭佩雲，安徽省人大常務副主任任海深***同為中國科大新落成的校史館開館揭幕 。
中國科學院院士、地球與空間科學學院李曙光教授在開幕式上將自己的奧運祥雲火炬捐贈給校史館收藏。校黨委郭傳傑書記代表學校接受李曙光院士的捐贈。校領導許武、侯建國、鹿明、竇賢康，秘書長朱燦平，黨政辦主任黃超群，校史館館長丁毅信，地球和空間科學學院分黨委書記張黎明等參加了捐贈儀式。
新館地理位置
中國科學技術大學校史館位於東校區219樓(原藝術樓)，此樓是中國科大歷史最為長久的建築之壹，館舍使用面積1000余平方米。
東區原藝術樓，位於東區中軸線，建於1954年，磚混結構，建築面積2420多平方米。因年久失修，管線破損、墻磚已經風化，木結構及門窗已腐朽，使用功能不全且存在安全隱患。 按照學校總體發展戰略規劃和校園建設規劃，對東校區壹些歷史悠久的老建築予以保留並加以維修改造利用，學校研究決定東區原藝術樓按原有建築風格將其恢復並加固，維修改造成學校校史館。
雖說是壹座新建的校史館，可是從外面去看，怎麽也看不出有壹點“新”的痕跡來。2008年5月份，侯建國院士在談論校史館的籌建工作時，曾這樣說過：“不管是誰來裝修，但是都不要把墻上的青藤給破壞了。”展現了中國科學技術大學對自己的歷史和文化傳統的尊崇和愛護。
校史展四大部分
2008年的校史展覽采用通史陳列和專題展示相結合的方式，分四個部分：
第壹展區 肇啟京華（1958-1969）
第二展區 弦歌繼起（1970-1992）
第三展區 世紀新章（1993-2008）
第四展區 專題展區。專門展出某個相關專題資料，並不限於時間。
展覽以時為經，以實為緯，力求真實全面，生動形象。
展品中，郭永懷獲得的“兩彈壹星功勛獎章”、 我國第壹臺質子靜電加速器（1950年趙忠堯親自購買裝箱，並沖破重重封鎖，從美國帶回）、郭沫若任校長時的辦公桌等實物極富文物價值。