在此之前，明清大內檔案館已經遭遇過兩次大災，幾乎被燒毀。光緒二十四年，收藏了1898近600年明清檔案的兵部金庫年久失修。本來國家是想休息的，但是八國聯軍入侵，所以休息就被放棄了！宣彤時期，公元1909年收藏倉壹尺倒塌，維修迫在眉睫。於是，醇親王載灃，宣彤皇帝的生父，命人將壹些年代相對較近的材料和聖訓分類搬遷，剩下的大部分仍堆在大圖書館裏，遭受風吹日曬的蹂躪。
有壹次，酒精王子載灃命令人們尋找多塞特攝政儀式的舊檔案。軍部找了好幾次，都沒找到，這讓攝政王很生氣。需要的找不到，不需要的堆滿了壹個大圖書館，簡直就是壹堆垃圾。為了給後面的文件留壹個位置，載灃實際上想過燒掉壹些，留下壹些。於是乎，在他的安排下，很多官員本著拾金不昧的精神，在這六百年的卷宗裏翻來覆去，能偷的拿走，不想要的裝進麻袋！或者偷偷賣。這種做法後來被張之洞等大臣封殺，故宮的信息被躲開了。
民國成立後，由於對文獻資料重視不夠，出現了把文獻資料當廢紙賣的現象。民國成立後，教育部接管了明清舊宮的檔案。1913年，國家建立歷史博物館，籌備處設在原國子監院內。1916年籌備處遷至午門，於是將相關檔案全部拉到午門和端門門口保存放置。這壹次，這批文武人員沒有被保留下來。
1917時任教育部部長的傅增湘下令閱讀整理相關文件。在這個過程中，教育部門把這批文件中的20個麻袋壹個壹個地翻了壹遍，得出的結論是價值不大。教育部把剩下的近9000袋文件扔回到門口。首席教育官傅增湘是壹個巨大的收藏家。在這個過程中，他悄悄借書，偷偷藏書。他借了許多有價值的書籍和資料，並把它們據為己有。
後來由於博物館的工資發不出去，很多人想到了賣檔案換錢。許多文物被賣給了北京的古董文具店。第壹次和張之洞壹起保存這些檔案的清朝前參贊羅振宇發現自己只買回了壹部分，羅振宇之後又把40箱賣給了日本人...解放後，國家積極收集相關資料，這些珍貴的明清檔案全部被追回和整理。