偽滿皇宮前身是民國時期管理吉林、黑龍江兩省鹽務的吉黑榷運局官署。
1932年3月9日，在日本侵略者扶持下，溥儀出任“滿洲國執政”； 4月3日，溥儀遷居於此，這裏便成為“滿洲國執 *** ”。
1934年，偽滿推行帝制，“滿洲國”改為“滿洲帝國”， 3月1日，溥儀在勤民樓舉行登極大典，由“執政”改頭換面為“皇帝”，“執 *** ”隨之改為“帝宮”，俗稱“皇宮”。
此後，偽滿帝宮進行了較大規模的擴建。
1934年到1940年這7年間，先後修建了懷遠樓、同德殿、東禦花園、防空地下室、假山、嘉樂殿、建國神廟等建築。
1945年8月，偽滿洲國垮臺後，守衛偽滿皇宮的禁衛軍、近衛軍士兵和宮中雜役人員以及周圍百姓乘混亂之機在偽滿皇宮中大肆搶掠，造成了壹定程度的破壞。
*** 統治東北時期，偽滿皇宮先後成為松北聯中校舍和 *** 六十軍的駐地。
從1949年開始，偽滿皇宮陸續成為沈陽重工業機械學校、第壹汽車制造廠技工學校、吉林省文化幹校、吉林省政法幹校、吉林省農業展覽館、吉林省公安總隊幹訓班、長春市第二非金屬材料試驗機廠等單位的駐所，大量居民也搬入偽滿皇宮居住。
此間，除宮廷主要建築保留外，原來的壹些建築被拆毀，又添建了壹些新房舍，偽滿皇宮的原貌已蕩然無存。
1954年末，吉林省博物館由吉林市遷到長春市，臨時選址在偽滿皇宮，以同德殿、嘉樂殿和書畫樓等作為其館舍。
1962年7月，時任中宣部副部長周揚在考察偽滿皇宮舊址後，做出“要把偽皇宮由文化部門管理起來，使之成為展覽中國末代皇帝前半生和日本帝國主義侵略東北罪行的場所”的指示。
*** 吉林省委常委會於1962年12月1日做出決定：“同意將偽皇宮遺址交省文化局籌辦陳列館。”同年12月24日，吉林省偽皇宮陳列館遂告成立，當時對外館名為：日本帝國主義侵略東北十四年罪行陳列館。
1964年7月28日， *** 吉林省委宣傳部、吉林省文化局決定將吉林省偽皇宮陳列館與吉林省博物館合署辦公。
1981年，吉林省人民 *** 公布偽滿皇宮舊址為吉林省重點文物保護單位。
1982年8月4日，吉林省編制委員會印發吉編事字（1982）74號文件關於恢復偽皇宮陳列館和省博物館自然部增加編制的批復。
同意恢復偽皇宮陳列館，列事業編制五十八名。
12月21日，文物局召開會議決定文物店把收購的日本畫、瓷器及偽滿皇宮的遺物撥給陳列館。
1982年8月16日，經吉林省人民 *** 批準，吉林省偽皇宮陳列館恢復建制，從長春市第二非金屬材料試驗機廠接收偽皇宮舊址作為館址。
1984年，偽滿皇宮核心區的勤民樓、緝熙樓等主要建築陸續復原並對外開放，開放區域不足偽滿皇宮舊址原占地面積的十分之壹。
2000年7月， *** 吉林省委、吉林省人民 *** 決定將偽滿皇宮舊址劃歸長春市實行屬地管理。
2001年2月，吉林省偽皇宮陳列館更名為“偽滿皇宮博物院”。
現該單位隸屬長春凈月經濟開發區。
按照省市 *** 確定的“三年恢復偽滿皇宮原貌”的工作目標，在市委、市 *** 的大力支持下，從2001年開始，博物院搬遷了偽滿皇宮保護區域內的4家省直文博單位、3個市場、2所學校、2座工廠、1處加油站和600多戶居民；拓寬了陜西路，建成了光復廣場和南停車場，徹底解決了原來周邊環境臟、亂、差的問題。
2007年5月24日，偽滿皇宮博物院被國家人事部和國家文物局授予全國文物系統先進集體的光榮稱號。
並於同年5月8日被評為國家AAAAA級旅遊景區和全國優秀愛國主義教育基地。
2006年9月18日，《勿忘“九壹八”——日本侵略中國東北史實》展覽在東北淪陷史陳列館正式展出。
2013年10月1日，偽滿皇宮博物院與故宮博物院聯合舉辦的《金絲瑩彩耀宮苑—故宮珍藏琺瑯精品特展》在偽滿皇宮展出。
此次展覽的文物是從故宮博物院收藏的琺瑯類文物中選出的珍品，完整地再現了清朝時期琺瑯藝術的發展歷程。
2013年12月13日， *** 吉林省委宣傳部、長春市委宣傳部、吉林省社會科學界聯合會、長春市社會科學界聯合會在偽滿皇宮博物院為長春文博講壇列入省市社科普及基地、長白山講壇加盟點授牌，由偽滿皇宮博物院發起並主辦的普及性、公益性的長春文博講壇正式啟動。