《蒙古秘史》是蒙古“三大聖典”之首。比1664年寫的《蒙古起源》、《蒙古金史大綱》早400多年，祖先與父親的關系就形成了。國際蒙古學研究會會長小澤茂雄教授稱贊道:《蒙古秘史》是第壹部由蒙古人自己寫的成吉思汗傳記。所以有波斯人寫的歷史文集，伊朗人寫的世界征服者史，瑞典人寫的多桑蒙古史，法國寫的蒙古帝國史，德日寫的成吉思汗，俄國寫的蒙古，英國寫的全人類皇帝，美國寫的成吉思汗，意大利寫的蒙古。據知，美國學者、探險家克拉維茨收藏了600多部有關成吉思汗的書籍，可謂“世界上成吉思汗資源最豐富的人”。
明洪武年間(1368—1398)，翰林講學霍和③編修為教習，以漢字寫蒙文秘史為“漢譯英”，逐字旁註譯成中文，書名分段刪節。明簡翻譯的《元朝秘史》的目的不是為了修史，而是作為教材進行社交和培養譯者。所以，元朝秘史未必是原本的全景。
《元朝秘史》編入《永樂大典》後，共分十五卷。現行版本有十二卷和十五卷兩個版本。
十二卷本有兩種:清代古籍整理家顧光啟和葉德輝。顧光潛的這本書寫於顧余慶嘉慶十年(1805)。它以張湘雲收集的舊手稿秘史為基礎，並參考當時流傳的其他手稿進行了整理。後為余省所有，收藏於上海涵芬大廈。1936商務印書館收錄顧本紀影印四輯、三輯。當時手稿的對應部分被故宮內閣圖書館發現的41明版殘葉所替代。因此，四大系列的三個版本成為學術界最受歡迎和使用最廣泛的書籍。的版本(也稱為關谷堂版)是文(國子監學士)在光緒十壹年(1885)寫的。它是盛《集》抄自顧本學派，後為所有。光緒三十四年(1908)刻成書。
《秘史》十五卷是清代藏書家鮑廷博從《永樂大典》中抄來的，只有壹個“全譯本”，沒有“旁註”，後被韓太華收藏。這本書是清代嘉慶五年(1800)錢大昕所作(乾隆十九年進士，官職學士，詩人孟麟弟子)。他最早提出明朝的秘史，也就是元朝的秘史，所以也叫錢本和秘史。關於《秘史》三種版本的來源，陳垣教授在《元史註音考辨》中已有詳細介紹。