重建的祈年殿是壹座直徑32.72米的圓形建築，鎏金寶頂藍瓦三重檐攢尖頂，層層收進，總高38米。
祈年殿采用的是上殿下屋的構造形式。大殿建於高6米的白石雕欄環繞的三層漢白玉圓臺上，即為祈谷壇，頗有拔地擎天之勢，壯觀恢弘。
祈年殿為磚木結構，三層重檐向上逐層收縮作傘狀。建築獨特，無大梁長檁及鐵釘，28根楠木巨柱環繞排列，支撐著殿頂的重量。
祈年殿是按照"敬天禮神"的思想設計的，殿為圓形，象征天圓；瓦為藍色，象征藍天。殿內柱子的數目，據說也是按照天象建立起來的。
寶頂下的雷公柱則象征皇帝的"壹統天下"。祈年殿的藻井是由兩層鬥栱及壹層天花組成，中間為金色龍鳳浮雕，結構精巧，富麗華貴。
祈年殿的內部結構比較獨特，不用大梁和長檁，僅用楠木柱和枋桷相互銜接支撐屋頂。殿內有楠木柱28根，數目排列切合天象：中央4根龍柱高19.2米、直徑1.2米，象征四季，中圈12根金柱象征壹年12個月，外層12根巨柱象征壹天12個時辰，中層和外層相加象征二十四節氣，三層柱總***28根象征二十八宿。
殿內地板的正中是壹塊圓形大理石，帶有天然的龍鳳花紋，與殿頂的蟠龍藻井和四周彩繪金描的龍鳳和璽圖案相互呼應，使整座殿堂顯得十分富麗堂皇。
祈年殿這座大殿坐落在面積達5900多平方米的圓形漢白玉臺基上，這就是祈谷壇。臺基分三層，高6米，每層都有雕花的漢白玉欄桿，氣勢巍峨。這個臺基與大殿是不可分的藝術整體。
從祈年殿的大門往南望去，只見那條筆直的甬道，往南伸去，壹路上門廊重重，越遠越小，極目無盡，有壹種從天上下來的感覺。
祈年殿內，天花板處是精致的"九龍藻井"，龍井柱則是描金彩繪。殿內中央有壹塊平面圓形大理石，石面上的花紋，是自然形成的龍鳳花紋，壹條行龍抱著壹只鳳凰，這便是"龍鳳石"，即"龍鳳呈祥"。
相傳，這塊石頭上原來只有鳳紋，而殿頂藻井內只有雕龍，年長日久，龍、鳳有了靈感，金龍常常飛下來找鳳石上的鳳凰尋歡。
不料有壹天正遇見嘉靖皇帝來祭天，在石上跪拜行禮，金龍來不及飛回去，和石上的鳳凰壹起被嘉靖皇帝壓進圓石裏面，再也無法出來，從此才變成壹深壹淺的龍鳳石。
祈年殿原來在1889年被焚燒時，這塊龍鳳石被烈火熏燒了壹個晝夜，石塊雖未被燒碎，但龍紋被燒成了淺黑色，鳳紋被燒得模糊不清了。
祈年殿前有東、西配殿各9間，稱東廡和西廡，是收藏配神牌位的庫房。在原來明代祭天時，除祭禱皇天上帝外，還要配祭皇族朱氏祖先，以及日、月五星，東、西、南、北、中的五大嶽，五小嶽的五鎮，四海四湖、風雲雷雨、山川、太歲、道教等各神祗和歷代帝王等。
祈谷壇東南角設燔柴爐、瘞坎、燎爐和具服臺。壇北有皇幹殿，面闊五間，原先放置祖先神牌，後來牌位移至太廟。
壇邊還有祈年門、神庫、神廚、宰牲亭、走牲路和長廊等附屬建築。長廊南面的廣場上有七星石，是嘉靖年間放置的鎮石。
盡管祈年殿已歷經350年，但殿宇不斜，木架不朽，巍然屹立，真可謂中華民族的驕傲，世界建築史上傑出的工程！