南京博物館收藏文物大約42萬件，其中經專家和市民評出十八件鎮館之寶。種類包括石器、陶器、玉器、青銅、瓷器、字畫、刺繡、竹木雕刻、民俗和當代藝術。
金色保護之寶——金獸到今天為止，我國出土文物中最大、最重的文物，是壹件罕見的實物，金屬鑄造和錘擊技術完美結合，被譽為“我國的瑰寶”。禦窯之寶——釉下紅年寒三友梅文瓶國內唯壹保存完好的甲明洪武紅梅瓶。通天之寶——鳥獸裝飾我國最早出土的雕刻精美的鳥和動物圖案是良渚祖先的神秘象征，他們認識神並顯示權威。高貴之寶——金蟬玉葉構思巧妙、制作精美的閨房珍品極其有趣，令人驚嘆。奇跡之寶——青瓷的天獸西晉青瓷傑作是中國最早的刻制瓷器之壹，它具有奇特的精神狀態和優秀的造型精神。保護之寶——銀線玉衣中國第壹件考古發現、科學修復、外觀精美的漢代銀線玉衣。
祭祀之寶——人與動物相結合的玉琮是良渚文化的代表作，玉雕工藝精湛，是良渚人原始宗教信仰最鮮明的象征。焦紅的瑰寶——金喇嘛塔壹組獨特的明代佛教工藝品，是中國唯壹出土的“迷妳”鍍金喇嘛塔。水墨瑰寶——徐渭雜花中國古代寫意花鳥畫大師的傑作無愧於“世界第壹徐青年”的美譽。
銀錯的輕青銅牛燈之寶漢代青銅燈具是實用性、技術性和藝術性完美結合的最佳作品，其環保意識和設計領先西方國家壹千多年。幸福長壽之寶——壽山福海青花瓷爐明代宣德官窯瓷器的頂峰是唯壹完好的大型同類瓷器。地圖的瑰寶——利瑪竇的偉大通用地理地圖我國現存最早也是唯壹的世界地圖是基於壹份硬拷貝，這為中國繪制世界地圖創造了壹個模型。文房之寶——嵌金獸形銅盒硯韓震的文具盒硯以其獨特的構思和精湛的工藝，代表了漢代硯業的最高成就。肖像之寶——竹林七賢磚畫中國考古中發現的最早、保存最完好的大型人物磚制品——南朝帝王墓壁畫，是20世紀中國100大考古發現之壹。