南京大學的古籍線裝書主要來源於原中央大學、金陵大學、金陵大學中國文化研究所三家的藏書，數量38 萬多冊，其中善本近3千余種，3萬余冊。這批珍貴文獻四部皆備，尤以地方史誌、明清別集的收藏更為突出，是幾代南大人歷盡劫難，九死壹生才得以保存下來的文化遺產，在南京大學壹個多世紀的學術發展史中發揮著重要作用。 南大古籍收藏的另壹個來源是教授捐贈。中央大學、金陵大學都是聲名赫赫的高等學府，很多教授為教學和研究需要，都有數量可觀的私人藏書。壹直以來，許多著名的教授不僅把自己的畢生心血奉獻給教育事業，還把自己的私人藏書也無私地捐贈給學校圖書館。陳鐘凡、胡小石、汪辟疆、李小緣、羅根澤、繆鳳林、倪則塤、歐陽翥、鐘泰、黃玉瑜、程千帆等先生都贈送過大批圖書，包括很多珍貴古籍，對南大圖書館的館藏建設作出了不可磨滅的貢獻。 南京大學圖書館館藏珍本壹瞥：
1. 《名公增修標註南史詳節》（宋）呂祖謙撰，宋建陽書坊刻本，四冊。該書為十七 史詳節之壹，是作者讀史時刪節備檢之本。
2. 《東海公年譜》（清）徐衡撰，稿本。壹冊。東海公即徐乾學，清初著名經史學家。此年譜為徐乾學七世孫所作，未及刻印刊行，是研究徐氏生平學術的寶貴資料。
3. 《歷朝茶馬奏議》(明)徐彥登編纂，明萬歷年間刻本。奏議內容廣泛涉及明中葉以後茶法與馬政的各個方面，是研究明代茶馬貿易的第壹手材料，對研究明代中後期經濟、政治、文化、軍事等方面均有重要的參考價值。
4. 《國朝典故誌要》（清）錫珍輯，稿本。二冊。該書記載了清代的典章制度。1932年由北京大學歷史系著名教授鄧之誠購得，後歸圖書館收藏。
5. 《貂珰史鑒》（明）張世則撰，明萬歷刻本。貂指的是宦官。全書分五集，資料豐富，體例完備，是研究古代政治史、宦官史的重要資料。
6. 《西湖佳話古今遺跡》（清）墨浪子輯，清康熙初年彩色套印本十冊。是壹部以杭州西湖風光為背景的短篇小說集，文字生動通俗，特別是在書的卷首有西湖全圖壹幅，西湖佳景圖十幅，多系唐宋元明的著名畫家原作或仿作，彩色套版印刷，精美可觀。 南大古代地方誌的收藏開始得很早，1923年，金大就與美國農業部有中國農業史研究的合作項目，到1929年金大建立文、理、農三院體制，當時任農學院農業圖書研究部主任的農業史專家萬國鼎先生，爭取到美國農業部壹等贊助經費，開始大力收集地方誌。因農業圖書研究部早期屬於農學院和圖書館***同管理，所以這項工作也得到了當時圖書館館長劉國鈞先生的積極支持，隨後中國文化研究所也加入了這項工作。他們四處派員到各地古舊書店去廣泛收購，很快便形成了金大圖書館的特藏。
抗戰爆發後，金大倉促內遷，大多數書籍無法運往四川，劉國鈞館長與金大中國文化研究所代所長李小緣先生協商，將館藏地方誌全部秘密運往徽州地區藏起來，後又將其中的善本由屯溪再轉運到江西婺源地區。幾名承擔此重任的職員和工人飽受顛沛流離之苦，遍歷九死壹生之難，最終保全了這批寶貴的文化遺產。抗戰勝利後，地方誌也先後運回南京。52年院系調整時，將金大圖書館和文化研究所的方誌全部並入南京大學圖書館，此後，擔任南大圖書館館長的李小緣先生又努力搜求，並組織人力手抄，館藏不斷豐富。館藏地方誌約四千三百多種， 四萬多冊。 南京大學圖書館壹直重視地方文獻的收藏。在其前身中央大學圖書館和金陵大學圖書館時期，就大力搜求古代地方誌，並很快形成特藏。秉承中大、金大的優良傳統，南大圖書館對新修方誌、文史資料、黨史革命史資料以及臺灣同鄉會文獻的收集，亦不遺余力。新修方誌用全新的觀點和方法記述歷史和現狀，是中國全面、系統、權威的國情、地情資料寶庫。文史資料、黨史革命史資料是各地政協和黨史辦遵從“三親”（親歷、親見、親聞）原則編纂的地方史料集刊，從不同角度記錄了中國近現代史上政治、軍事、外交、經濟、文化等諸方面的情況，大大小小的事件始末和形形色色人物的活動，彌補了現有史料的缺失，提供了浩如煙海的微觀史料。臺灣同鄉會文獻如同臺灣的文史資料，與大陸文史資料壹起，成為中國近現代歷史文化研究的新資源。
南京大學圖書館收藏的現當代地方文獻約三萬余冊件，涉及全國1900多個各級行政區。數字化加工文史資料近壹萬冊，還收藏了80多個國家和地區20多個語種的期刊，尤以物理、生物、地學、數學、東方學為特色。1949年以前的中文社會科學書刊收藏頗豐。南大圖書館還是教育部建設的全國高校的地科(地質、地理、氣象、天文、環境科學)教材中心、文科文獻中心，經多年努力，進壹步擴大了館藏內容，增強了館藏特色。