殉教說法
1781年，處於成長期的伊斯蘭教哲赫忍耶派，教主馬明心的學生蘇四十三和在中國已傳教數百年的的伊斯蘭華寺門宦在循化因傳教首次發生矛盾。之前由於哲赫忍耶派發展迅速，引起清廷註意，被定為“邪教”，故而清廷下級官吏執行中偏袒華寺門宦，引起兩派械鬥。因處理不公，蘇四十三率眾反清，殺死前來鎮壓的知府楊士璣和副將新柱，繼而攻克河州城（今臨夏），圍攻蘭州。因哲派民眾造反，清廷將教主馬明心捕殺於蘭州城。
家屬受累
將其季子充發雲南，未至其地，病歿於抱母井，年8歲。長子馬順清被發配雲南墨江縣的朗寨充軍，為馬明心的學生營救，3個女兒和妻子張氏充發伊犁為奴，長女行至吐魯番頭道河子，跳河自殺，二女和三女流落他鄉，張氏在某旗官邸為奴，因過年殺死旗官全家，自首後被處死。
後續影響
馬明心傳教35年，教眾遍及西北，門下弟子散居各地。其繼承人本著“保護教門”的精神，繼承和發展了哲赫林耶的宗教教旨，以至延續至今。馬明心的被害是歷代哲派信徒的悲苦紀念，也是歷代哲派發展壯大的重要原因。馬明心之死在當時激起蘇四十三更加擴大暴動、持續數月，直至被清庭調集多省兵力鎮壓（死傷壹萬，其中清庭鎮壓八千，其仇恨面愈加擴大。這些鎮壓中還有老教回民兵馬的協助，因此回民中新老對抗也進壹步加劇），隨即又激發出乾隆四十九年哲派的田五暴動及清政府的鎮壓。
這些廣泛仇恨後來還引發清代同治時期哲合忍耶派第五代教主馬化龍的起事（史稱“陜甘回變，是“同治回亂”的重要組成部分，西方學者有稱之為東幹戰爭。“同治回亂”是1862年陜西任武、白彥虎、甘肅馬化龍等幾地回民領袖***同發動的反政府運動。1862年基於"秦不留回"的滅族謠言，殺死前來談判的高級官員，裹挾大量回民參與其中，發展到三十萬，有"陜回十八營"之說，部分起事者有建立純粹的伊斯蘭國家的目的，以白彥虎為首的部分起事者對陜甘漢民極盡殺戮，造成回漢民族的嚴重對立，陜甘漢民多有滅村慘劇，而陜回亦急劇下降，這場戰爭死亡數百萬人，幾占當時陜甘總人口的三分之壹，是人類史上最慘烈的悲劇，最後由左宗棠率軍鎮壓平息，馬化龍為保部屬性命，在金積堡余部投降，旋被殺害，部屬安置於張川、平涼等地。白彥虎部作惡多端，是陜回十八營中唯壹不準向政府軍投降的，該部參與了阿古柏分裂行為，其後人現居中亞，其語言也為陜西方言。
對哲合忍耶道祖馬明心的死，民間有不同看法和說法，壹些人稱之為殉教，壹些人稱之為天譴，稱呼不同，所指相同。