種子處理過的南瓜可以直接移栽、發芽播種，也可以用幹種子播種。如果要催芽播種，為了消滅病菌，方便早發芽，早直播，早移栽，南瓜子拌種。第三，種子攜帶細菌。任何作物的種子都可能攜帶細菌，如病毒病、白粉病、霜黴病、炭疽病、黑星病、白葉枯病等。播種前的處理，精選種子，剔除枯萎、畸形的種子，選擇完好的種子在晴天晾曬1-2天，增強種子活力。用溫水消毒。將所選種子放入50℃的水中10分鐘，不斷攪拌，待水溫降至30℃左右時浸泡3-4小時，擦去種皮上的粘液，然後用濕布包裹，置於25-30℃的環境中發芽。壹般需要36-48小時才能長出3-4毫米長的芽，可以播種了。南瓜蔬菜種子中可能含有多種病原菌，如枯萎病、炭疽病、疫病等。
期間不斷攪拌，水溫降至25-30℃左右時浸泡6-8小時，洗凈後再發芽。藥物消毒方法:0.1%多菌靈浸種1小時，水洗浸種12~14小時；或將種子浸泡在0.1%-0.2%的高錳酸鉀溶液中30分鐘；或用1%硫酸銅浸泡種子5分鐘；或將種子浸泡在40%福爾馬林150倍溶液中90分鐘；或用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液浸泡南瓜子1小時，取出沖洗幹凈，再防治炭疽病；或用10%磷酸三鈉溶液浸泡南瓜種子20分鐘，取出洗凈，對南瓜花葉病毒有較好的防治效果；或用500倍10%抗菌劑401溶液浸泡種子30分鐘，可殺滅枯萎病、炭疽病等；或者將南瓜子浸泡在2%~4%的漂白粉溶液中30分鐘，取出用清水洗凈，殺滅種子表面的細菌。
浸泡用的藥液溫度為25~30℃，藥液濃度不宜過高或過低。高溫熱種子:在兩個容器中分別加入等量的冷水和開水，水量為種子的3倍。先將挑選好的種子倒入沸水中快速攪拌3-5秒，然後立即將冷水倒入另壹個容器中，攪拌至30℃左右，在室溫下浸泡種子3-4小時，殺死種子表面的病菌。陽光種子:在陽光明媚的日子裏，將種子撒在厚度小於1 cm的物體上，如草席或紙，在陽光下暴曬，每隔2小時翻壹次面，使其均勻受光。曬幹除了殺菌，還能促進種子成熟，增強種子活力，提高發芽勢和發芽率。但幹燥種子時，不宜直接放在水泥板、鐵板或石頭上，以免影響種子的發芽率。