《達芬奇密碼》第32章寫道:“這幅畫違背了常識。它顯示約翰為耶穌祈禱，而不是耶穌為約翰祈禱...耶穌服從約翰的權威！更有甚者，畫中的瑪利亞將壹只手放在約翰的頭上，做出威脅的手勢——她的手指看起來像鷹爪，仿佛握著壹個看不見的頭。最明顯和令人毛骨悚然的畫面是瑪利亞彎曲手指下的URI——他做了壹個砍東西的手勢，仿佛要砍下瑪利亞從脖子上抓下來的看不見的頭。”足以看出這幅畫的寓意和象征並不簡單。列奧納多·達·芬奇在藝術和科學領域的成就表現在作品《巖石的聖母》中。畫面中的每壹塊巖石、壹草壹花都足以證明達芬奇在地質學和植物學方面的淵博知識。在畫中，重疊的巖壁以多種方式反射的柔和光線，不僅創造了人物面部和身體的微妙質感，還賦予了形象壹種原始的詩意光環。還有人體的組織結構，皺紋的力學規律，女性的卷發。這些被科學家達·芬奇用精確的實驗證明的科學知識，現在被藝術家達·芬奇整體組合成壹幅詩意的畫面，轉化成壹首生動而無聲的音樂，壹首優美而自然的贊歌。達芬奇在自己的作品中，把高不可攀、高不可攀的“神”帶到了凡間，成為了壹個善良而生動的人。人與自然風光融為壹體，祥和融洽的氛圍與和諧寧靜的自然風光令人神往，自然讓人想起溫馨甜蜜的家庭生活，聖母與耶穌就是其中之壹。
然而，這幅畫受到了委托人的批評。他們以聖母瑪利亞頭上沒有聖光、約翰沒有十字架、天使沒有翅膀為由拒絕支付，並對達芬奇提起訴訟，訴訟持續了20年。直到1508年，在達芬奇的直接指導下，他的弟子安布羅霍·德·波萊蒂斯完成了《巖石聖母》的復制畫，在聖母和耶穌的頭上加了壹個橫膈膜，給約翰加了壹個十字架，讓天使長出了翅膀，把畫送給了委托人，官司才算了結。但是和原畫相比，臨摹的所有價值都是遠遠落後的。整整25年，巖石下的聖母成為達芬奇和他在米蘭的投資人見面會的矛盾焦點。盡管發現了新的文獻，但這場爭端的部分內幕仍然是個謎。自從第壹幅畫消失後，就成了無數利益糾紛的起因。拖延的工作，表達懷疑的投訴，法院的聽證和判決，壹個接壹個，直到他們同意完成這幅畫。
1483年4月25日，達芬奇接受委托，用了7個多月的時間完成了這幅畫。但直到1508，10年10月23日，他才得以在提前完成的作品上簽字，交付給委托人。
這幅畫很好地結合了達芬奇晦澀、神秘和暗示的繪畫風格，不斷表現出象征意義和神學思想。開滿鮮花的潮濕洞穴，籠罩著宗教和神秘的光環，增添了神秘和神話色彩。消失在遠方的洞穴和人跡罕至的山脈，展現了無盡時空中的地質世界，它們為純粹宗教的神聖事件構成了壹個神秘的舞臺。每壹個動作似乎都是為了抓住那個將改變人類歷史的時刻而暫停的。畫中的人物不符合I483契約中的承諾(聖母和聖子身邊有兩個天使和兩個先知，但沒有聖約翰)，向我們展示了列奧納多的異端企圖。1485到1490的兩幅畫作《音樂家和帶著雪貂的女士》證明了列奧納多給肖像畫風格帶來的深刻革命。《音樂家》是壹部真正的參考書，從吉尼維拉·本齊肖像中“閃亮”的卷發到聖哲羅姆的雕塑般的身材，它因新角色的強烈心理刻畫而得到加強，這將在《抱著雪貂的女士》中得到充分展示。在《音樂家》這幅畫中，人們可以觀察到倫巴第人果斷的性格，北方帶來的影響和肖像的生動描述，讓人聯想到歌手調整動作和氣息的音樂音程。達芬奇參與了這幅畫的創作，這壹點幾乎可以肯定。畫的準備和畫法都出自他手。最多是德·波萊蒂斯這樣的助手幫忙做壹點無關緊要的工作。
在18年底，帶著雪貂的女士從意大利進入波蘭沙皇俄國家族收藏室之前，人們沒有任何可靠的材料。雖然修復了很多次，但這幅畫對觀眾的震懾作用還是比蒙娜麗莎好。畫面的節奏和女性形象在與雪貂相反的空間中的螺旋旋轉絕對是肖像藝術中的新現象。