夜神月——高三學生。之後以滿分考入東京大學。這位被寄予將來成為警視總監（日本警察職銜之壹）厚望的天才卻暗暗感到所謂法律的正義是有界限的。看著惡性事件的持續發生、不起訴以及未解決案件的增多，夜神月深覺"世界正不斷腐化"。就在這個時候，壹本黑色封面的筆記本突然闖進月無聊的生活裏，筆記本上赫然寫著“DEATH NOTE”。在寫著“如何使用”的那壹頁上，有這樣壹句話：只要名字被寫在上面的人都會死。月雖然不相信但還是在筆記上隨手寫上了從電視上看到的綁架殺人犯的名字。隨後從從電視上得知被自己寫在筆記上的男人身亡。“原來這本死亡筆記是真的……這就是我壹直想要的，我要用這本筆記改變世界，只有我能做到，世界將變得美好，我會成為新世界的神！”夜神月心中希望改變世界的願望蘇醒了。
緊接著，這本筆記的主人——死神硫克來到月的面前,以旁觀者的身份伴隨在月的身邊，以此獲得趣味。硫克的出現並沒有改變什麽，月開始利用自己的頭腦和筆記制裁犯罪者，構築理想中的世界。
逃亡中的惡性事件罪犯、借權力得以逃脫罪名的當權者，壹切應該受罰卻逃脫了的人相繼神秘地死去。在互聯網上，出現了壹個以“Kira=基拉”為名的“救世主”，他，到底是正義的使者還是罪孽深重的惡魔？
另壹方面，ICPO（國際刑警組織）為了調查這壹連串的基拉事件，請出壹個迷樣天才偵探L（真名L.Lawliet）.L前往日本警察廳。L是壹個擁有超群情報收集能力以及神秘的推理能力、解開了許多世界上各種難以破解的案件第壹號偵探。受到L的指示，日本警察成立的基拉事件調查組，甚至FBI也開始壹起通緝基拉,並將目標鎖定到月身上,月L在東慶大學內接觸,開始驚險的鬥智鬥勇。
最終，夜神月利用彌海砂的死神萊姆殺死了L，結束了《死亡筆記》（Death Note）第壹部。
但是《死亡筆記》（Death Note）的故事並沒有結束，就在月以為大功告成，新世界就要建立的時候，L的繼承人，M（梅羅）和N（尼亞）出現了。於是新的戰鬥開始，繼承L的意誌，M和N在不同的道路上追捕著基拉，而月也得到新的助手——視他為神的魅上照和深愛著他的高田清美，與M和N展開了鬥爭，M最終犧牲。
然而，因為魅上照在夜神月殺死M的行動中自做主張殺死高田清美，使N得到了證據，揭穿了基拉的真正身份就是月。月走投無路，向硫克求助，但最終被硫克寫入他的死亡筆記。
基拉消失了，世界重新腐化，然而，夜神月偉大的壹生給世界留下的印記並沒有消失，在基拉消失壹年後的夜晚，基拉的信徒們聚集起來，祭奠那個逝去的正義的審判者。那個給黑暗世界帶去光芒，壹如夜空中皎潔明月的少年。
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