在古故宮研究的影響下，故宮博物院的文物保護理念發生了新的變化，對文化遺產概念的理解和認識逐漸加深，故宮博物院得到了更加自覺的全面保護。制定了《故宮博物院2004-2010年文物清理工作計劃》，啟動了對藏品的徹底清理工作。對654.38+萬余件原本被認為是“資料”的藏品進行了重新鑒定和分級，對大量由於歷史原因而沒有得到足夠重視的宮殿遺存給予了新的認識。在認真清理館藏文物的基礎上，正在編制出版《故宮博物院藏藏品分類叢書》和《故宮博物院藏藏品總目錄》，將向社會公開發布，更好地服務社會公眾，為院內外乃至國內外古代宮廷研究人員提供便利。文物收藏也有新思路。突破舊的收藏觀念，收藏了李可染、吳冠中等現當代著名畫家和壹批國家級工藝美術大師的代表作品，樹立了從傳承民族文化的角度審視當代藝術作品，從保護國家財富的角度收藏的新觀念。
從古代宮殿學的角度來看，故宮不僅是世界著名的物質文化遺產，還包含著重要的非物質文化遺產，其中最突出的就是中國古代宮殿建築的技術。它們壹方面以物質的形式存在於建築中，壹方面又以手藝的形式通過工匠之口代代相傳。故宮有專門的維修管理機構和施工隊伍，出現了壹批古代建築師和專門的工匠。故宮大規模維修，全程跟蹤影像記錄，實行“師徒制”，目的就是讓古建築技術代代相傳。書畫裝裱等文物保護傳統技藝也是需要保護和傳承的非物質文化遺產。2007年，故宮博物院將中國古代官式建築傳統工藝和書畫裝裱技術列為國家級非物質文化遺產。
古代宮殿學的提出和建立，促進了學術視野的拓展和故宮研究的深入。《紫禁城》雜誌創辦於2004年，旨在保護文化遺產和弘揚傳統文化。《故宮博物院與故宮》雜誌成功改版，其他書籍出版發行，故宮文化資源得到大力發掘和挖掘。故宮博物院的古書畫研究中心、古陶瓷研究中心、古建築研究中心相繼成立，還有藏傳佛教文物研究中心、明清宮廷史研究中心在建。積極開展與院外科研院所的聯合考古、學術考察和辦學，湧現出壹大批學術成果，故宮的價值和豐富內涵不斷被發掘。