壹、書畫收藏。臺北故宮藏有書畫總計9120件，據介紹其中壹半為優等和次等，元以前繪畫574件（不包括南薰殿宋以前帝後像），元以前書法155件。北京故宮有書畫15萬件左右，約占世界公立博物館所藏中國古代書畫的1/4，其中約1/3具有較高的學術價值和欣賞價值，有近420件元以前的繪畫，310件元以前的書法。元以前書畫總收藏量，數量上北京故宮低於臺北故宮。但相對嚴格的鑒定工作，使得北京故宮早期（元以前）書畫中，很少有早期和晚期（明清）之爭。在繪畫的時代方面，北京故宮的早期藏品反映了各個歷史時期的繪畫面貌，特別是東晉顧愷之的兩件北宋摹本《列女圖》卷和《洛神賦圖》卷真實地反映了漢魏六朝時期的繪畫風格。就唐、五代、兩宋繪畫而言，臺北故宮在數量上較北京故宮要多，但北京故宮元代繪畫眾多的收藏量和完善的品質堪稱世界之冠。就宋代繪畫而言，臺北故宮的山水畫珍品多於北京故宮，但北京故宮的人物畫珍品則占有重要地位。北京故宮繪畫藏品種類較全面，除卷軸畫外，還藏有版畫、年畫、清宮油畫、玻璃畫、屏風畫、貼落等，這些是臺北故宮所缺乏和不足的。此外北京故宮還有10件唐宋壁畫、7件唐五代敦煌紙絹畫、1鋪元代大幅壁畫等。北京故宮庋藏的明清大幅宮廷書畫也是臺北故宮所缺少的，因為這些在文物南遷時有壹定運輸難度。
由於臺北故宮主要接收的是清宮舊藏歷代書畫，而18、19世紀的“揚州八怪”、“京江畫派”、清初的“金陵諸家”、“四僧”等許多流派的繪畫和書法為清宮所缺，如今已是國之重寶。北京故宮於上世紀60年代初已將上述幾個時期書畫收藏齊備。在書法方面，臺北故宮的收藏量和品質不如北京故宮。北京故宮有4萬多通明清尺牘，其中蘊含著巨大的文獻價值和藝術價值，遠勝臺北故宮在這方面的收藏。在碑帖方面，北京故宮的碑帖善本占全國大多數。目前尚沒有見到文物南遷中有關碑帖的記錄。
二、陶瓷類文物。北京故宮有35萬件，壹級品1100多件，二級品約5.6萬件，還有上世紀以來在全國110多個窯口所采集的3萬余片陶瓷標本。臺北故宮有25248件清宮舊藏瓷器，宋代五大名窯瓷器及明代官窯瓷器收藏均占優勢，著名的清代康雍乾三朝琺瑯彩瓷器絕大多數都藏在臺北故宮。但北京故宮的收藏數量是臺北故宮無法比擬的，特別是在新石器時代彩陶、三國兩晉南北朝隋唐五代瓷器、清代嘉慶至宣統官窯瓷器、歷代民窯瓷器以及古陶瓷窯址標本、實物資料收藏方面，北京故宮均占有明顯優勢。北京故宮在歷代官窯瓷器收藏方面，無論數量還是質量，也都相當可觀，不容忽視。在古陶瓷收藏方面，兩岸故宮各有千秋。