1907年，英國考古學家馬克·奧勒爾·斯坦(marc aurel stein)在第二次中亞考古之旅中，沿著羅布泊以南的古絲綢之路前往敦煌。當他聽說莫高窟發現了藏經洞後，他找到王，表示願意幫助修建道觀，贏得了王的信任。於是斯坦被允許進入藏經洞挑選文獻。他最後只用了200兩銀子就把24箱筆記本和5箱其他藝術品拿走了。1914年，斯坦因再次來到莫高窟，用500兩銀子從王手中買下570份敦煌文書。這些藏品大部分捐贈給了大英博物館和印度的壹些博物館。大英博物館現在約有13700件敦煌相關藏品，是世界上收藏敦煌文物最多的博物館。但近年來，它因對中國文物保護不力，甚至被盜而飽受詬病。
1908年，精通漢學的法國考古學家伯希和在得知莫高窟發現了古代手稿後，立即從迪化趕到敦煌。他在洞中挑選了三個星期，以六百兩銀子為代價，終於獲得了10000多件敦煌文獻，其中大部分後來被收藏在法國國家圖書館。
65438年至0909年，伯希和向北京的壹些學者展示了壹些珍貴的敦煌書籍，立即引起了學術界的關註。他們上書清部，要求甘肅、敦煌地方政府立即查對藏經洞的文件，運回北京。清廷任命甘肅使何為護衛。但是在清點之前，王已經將壹些文物藏了起來，而且很多都在途中丟失了。到北京後，何和他的親戚朋友自己抓了壹些。因此，在1900中發現的5萬多份文件中，只有8757份留在了史靜圖書館，這些文件現在保存在中國國家圖書館。
壹些在中國民間流失的敦煌文獻後來被藏家轉賣給日本藏家，也有壹部分歸南京國立中央圖書館所有，但更多的很難找到。王所藏手稿分別於1911和1912年賣給日本探險家吉川光壹郎和立花醉鄉。1914年，俄羅斯佛教徒奧爾登堡發掘了疏散藏經洞，獲得了壹萬多件文物，現藏於俄羅斯科學院東方學研究所。
近代以來，除了藏經洞文物被瓜分，敦煌壁畫和造像也遭受巨大損失。目前所有唐宋時期的壁畫都已經不在敦煌了。1923年抵達的哈佛大學的佩利奧特和蘭登·沃納先後用膠帶粘貼了大量有價值的壁畫，有時甚至只揭開了壁畫中的壹小塊圖像，嚴重破壞了壁畫的完整性。王還毀壞了的許多壁畫，以開辟壹些洞窟。1922年，莫高窟曾經關押過數百名俄國沙皇士兵，他們在洞穴裏煙霧繚繞，造成了很大的破壞。1940年代，張大千在這裏畫壁畫時，發現有的壁畫有內外兩層，就把外層脫下來看內層。這種做法後來引起了爭議，直到現在仍有爭議。