胡慶余堂古建築博采眾長，胡慶余堂中藥博物館位於吳山腳下大井巷內，是由清代紅頂商人胡雪巖於光緒四年（1878）創立的庭園式藥店，建築屬典型的清代風格，古樸雅致，金碧輝煌。集各家藥號大成，結合江南住宅園林特色，選用鐵超、銀杏、香樟等上乘木材營建，古建築占地八畝，面積四千平米，分隔為“三進”，呈“前店後廠”布局。建築四周，築以高達12米的“神農式”封火墻，墻上書有“胡慶余堂國藥號”七個大字，20平米見方壹個字，將那幢晚清建築凸顯得大氣、沈穩而又不失神秘和靈動。整個建築形制宛如壹只仙鶴，棲居於吳山腳下，寓示“長壽”。是壹座商業實用性和藝術欣賞性融為壹體的晚清木結構古建築。1988年被國務院列為全國重點文物保護單位。它是我國唯壹的國家級中藥專業博物館，享有“神奇的科學殿堂，燦爛的醫藥文化”之譽。
整個館分為五個部分：
第壹部分為陳列展廳，介紹我國歷代醫藥名人、藥物的起源、藥物學的發展、中外藥物交流、浙江在中國藥學發展中的地位和貢獻；
第二部分為中藥手工作坊廳及興趣室，這裏，老藥工可以為參觀者表演傳統制藥工藝參觀者還可以動手操作，體驗制藥樂趣；
第三部分為中醫保健門診室；
第四部分為藥膳廳；
第五部分為營業廳。遊客到此，不僅可觀賞也可親身在“興趣室”壹試傳統藥具的操作。還可以在該館請名家門診、選購優質中成藥產品，品嘗有防病強身、延年益壽妙用的藥膳風味。
其中有湖南長沙馬王堆、浙江余姚河姆渡遺址、浙江良渚文化、宋代福建泉州沈船等出土的珍貴藥材文物，有百年前中藥生產工具柞床、銅船、大石臼、乳缽、秤等，有盛器──漢代獸面紋銅銑爐、明代宣德爐、清代陶瓷、錫罐等，還有該廠講求質量精心提煉的珍品工具金鏟銀鍋及開業伊始廠主立下的“戒欺匾”。
博物館內陳列有《中國中藥發展史》、《胡慶余堂發展史》、《中藥材及成藥標本》。
為了直觀了解百年前中藥的生產狀況，還特設傳統中藥手工模擬作坊，並進行操作，以供參觀