最著名藏品
館內的幾件鎮館之寶其中最著名的藏品要屬壹件商鉞，據精通中國文物的館長介紹，鉞是殷商禮器，這件器物高30.4厘米，刃部寬35厘米。此鉞的獨特之處在於兩面的人面造型生動立體,耳部,嘴部運用鏤空技術，穿孔透雕，做工非常精細。據說目前中國收藏的銅鉞體積都很小，而且大多是虎紋鉞。1965年中國考古工作者在山東出土了兩件類似商鉞，但工藝遠沒有柏林收藏的這件精美。這件商鉞是德國東亞藝術博物館於1962年從香港著名收藏家陳仁濤處購得。
巫支祁
博物館的另壹件寶貝叫巫支祈，是公元12世紀的壹個動物石像，高不過半米，頭部似猴非猴。傳說在上古時代，中國大地經常洪水泛濫，舜帝召見大禹，命其治水救民。在治理淮河時，大禹看到壹只動物，白頭青身，金眼白牙，外貌有些像猴子，十分兇猛。它以身觸岸，堤岸立刻崩潰。原來這就是名為巫支祈的水神。禹王派出天神烏木田、童律與水神巫支祈交戰，但諸神均非其對手，最後禹王又派掌管時間的天神庚辰紫微神出戰，巫支祈不敵，潛水逃跑，但庚辰行走得更快，將巫支祈擒住。禹王下令以鐵鎖鎖住巫支祈，壓在龜山下，從此水患平息。據說後人在淮河壹座橋上築了四尊巫支祈石雕，但後來這四尊巫支祈不翼而飛。目前人們只知道，壹尊在香港，另壹尊便是眼前收藏在東亞藝術博物館的這個，其他兩尊至今下落不明。
北涼沮渠安周造像佛寺碑
柏林東亞藝術博物館在1945年前還曾有過壹件價值連城的文物。據說早在1906年，清朝大臣端方隨中國政府代表團在歐洲考察時來到柏林東亞藝術博物館參觀，他在這裏看到了北涼沮渠安周造像佛寺碑。這塊石碑刻於十六國時期的北涼承平三年（445年），碑文盛贊當時河西地區的世家大族沮渠氏篤信佛教的事跡及建寺功德。這塊石碑19世紀後期在新疆出土，後被文物商運出中國，幾經倒手，於光緒二十九年（1903年）賣給柏林博物館。端方看到這塊石碑時大吃壹驚，因為他是個金石學家，了解這塊石碑的珍貴和重要，因而要求拓印。在柏林東亞藝術博物館方面的配合下，端方拓印了壹張拓本帶回中國。但遺憾的是，原碑在1945年盟軍攻克柏林後就不見了，有人猜測是在盟軍轟炸中被毀掉了，也有人認為，被人偷走了。從此在中國收藏的拓本就成了孤品。
其他中國文物
柏林東亞藝術博物館還收藏著十幾件中國皇帝“贈送”的文物。1900年6月10日，義和團大規模開進北京，德國公使在北京街頭被義和團殺死。事件發生後，德國皇帝威廉二世決意報復中國，派遣了2萬多人的對華遠征軍，清朝戰敗以後，與11國簽訂《辛醜條約》。清朝政府被迫派人赴德國就克林德公使被殺壹事向德國皇帝道歉。光緒皇帝讓他的弟弟醇親王載灃隨身攜帶大量珍貴文物禮品，準備奉送給德國皇帝威廉二世。因為克林德被殺，德國皇帝無法接受任何禮品，所以這批文物就轉贈給了德國的博物館，文物物件包括明清二代的玉器、陶瓷、書畫、織品等。
民俗博物館
在東亞藝術館大樓內還有壹座民俗博物館，這裏收藏的很多中國文物是19世紀歐洲列強對中國文化資源掠奪的產物，帶有明顯的殖民主義痕跡。19世紀末、20世紀初的中亞和中國西北地區是各國探險家光顧的熱點，他們打著“文化考察”的旗號成立了各種名目的探險隊，測量隊和考察隊，紛紛來到中國西北地區收集中國文物，非法挖掘古文化遺址，造成了中國文物的大量流失。從1902年到第壹次世界大戰爆發，德國柏林民俗博物館派人在中國西北進行了四次大規模的挖掘。德國考察隊第壹次於1902年8月11日離開柏林，11月下旬到達吐魯番正式開始考察，1903年4月結束。考察隊先後在哈拉和卓、高昌古城、勝金口、木頭溝地區進行多次挖掘，對高昌故城進行了重點挖掘。這壹次在吐魯番地區不到五個月的挖掘中，德國人就運走了46箱佛教壁畫、文書和雕塑。德國第壹次吐魯番考察隊的“豐富收獲”震驚了德國東方學界，業內人士要求，盡快再派新的考察隊前往新疆地區。德國皇帝和軍火大王克虜伯以個人名義提供捐助作為第二次考察的經費。這次德國人在哈拉和卓盜走了從未發現過的摩尼教創始人梅尼茲的肖像壁畫以及許多珍奇的手寫文書、壁畫、紡織品、錢幣等。在柏孜克裏克，考察隊隊員竟用狐尾鋸把已存在千年之久的28幅大型壁畫全部鋸下。德國人第三次搞到的文物數量最為驚人，他們把被認為是中亞藝術頂峰的克孜爾壁畫全部切割下來運往柏林，數達128箱。據統計，德國考察隊幾年間在吐魯番、庫車壹帶***運走古物400箱。但收藏這些文物的博物館在第二次世界大戰中遭到毀滅性的轟炸，幾百幅壁畫損失了壹半以上，柏孜克裏克的20余幅壁畫全部化為灰燼，近300尊塑像毀壞了壹半。