FILE.62 月影島的邀請函 FILE.63 鋼琴的詛咒 FILE.64 秘密樂譜 FILE.65 烈火中的秘密 FILE.66 染血的案件 FILE.67 名字的秘密
52 霧天狗傳說殺人事件★ 漫畫單行本11：
FILE.108 修行室 FILE.109 櫻花與壁上的洞 FILE.110 浮在空中的力量
96 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件★ 漫畫單行本14 ：
FILE.131 照片為證 FILE.132 電話上的數字 FILE.133 命案正要發生 FILE.134 落葉繽紛中的質問 FILE.135 媽媽的胸中！？ FILE.136 柯南的笑意 FILE.137 有希子的笑意 FILE.138 另壹個人
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件★ 漫畫單行本18、19：
FILE.176 轉校生 FILE.177 黑衣女郎 FILE.178 代號雪莉FILE.179 偽裝的少女 FILE.180 將死 FILE.181 為什麽
162 飛天密室 工藤新壹最初的事件★ 漫畫單行本21 ：
FILE.204 最初的招呼 FILE.205 空中密室 FILE.206 最後的王牌 FILE.207 埋藏在內心深處
174 二十年的殺意 交響樂號連續殺人事件★ 漫畫單行本23 ：
FILE.225 影子計劃師 FILE.226 殺機正濃 FILE.227 意外的標的 FILE.228 消失於波濤之中 FILE.229 這就是真相 FILE.230 證人生還了
184 詛咒假面的冷笑★◆ 動畫原創
208 通往迷宮的入口 巨大神像的憤怒★◆ 動畫原創
219 被召集的名偵探！工藤新壹VS怪盜基德★ 漫畫單行本30 ：
FILE.299 聚集 FILE.300 悲劇 FILE.301 秘密謀殺 FILE.302 騙局
263 大阪雙重謎團 浪花劍士和太閣城★ 漫畫單行本31 、32：
FILE.314 浪速之劍士 FILE.315 變化的劍士 FILE.316 巧妙的劍士 FILE.317 天下人之城 FILE.318 天下人之寶 FILE.319 超越時空 FILE.320 真相的大門 FILE.321 悲傷的“虎”卷
304 震動的警視廳 1200萬名人質★ 漫畫單行本36、37：
FILE.369 壹去不返的警官 FILE.370 消不去的回憶 FILE.371 紅色陷阱 FILE.372 這個世上最…… FILE.373 BYE BYE……
342 豪斯登堡的新娘★◆ 動畫原創
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案★ 漫畫單行本42
FILE.429 滿月之夜與黑色宴席的陷阱 FILE.430 血染幽靈船 FILE.431 透明人現身！ FILE.432 工藤新壹登場！？ FILE.433 假面下的真相 FILE.434 腐爛的蘋果
356 怪盜基德令人驚異的空中漫步★ 漫畫單行本44
FILE.453 奇跡 FILE.454 驚愕 FILE.455 戰栗 FILE.456 逃脫
383 甲子園的奇跡！絕不能輸給看不見的惡魔★ 漫畫單行本43 、44：
FILE.445 53000分之壹的惡魔 FILE.446 來自甲子園惡魔的挑戰 FILE.447 解開3個數字之謎！ FILE.448 沒有提示！？ FILE.449 比賽結束？
425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間★ 漫畫單行本48 、49：
FILE.499 恐怖的敲門聲 FILE.500 新黑衣成員 FILE.501 追蹤目標！ FILE.502 新的指令 FILE.503 黑衣組織VS FBI(1) FILE.504 黑衣組織VS FBI(2)
449 總局刑警戀愛物語 虛假的婚禮★ 漫畫單行本52 ：
FILE.535 婚禮現場的恐慌 FILE.536 不速之客 FILE.537 婚禮大戰
452 金毗羅劇院魅影★◆ 動畫原創
479 和服部平次***度的3天★ 漫畫單行本54 、55：
FILE.559 吃人的房屋 FILE.560 奇幻的屍體 FILE.561 血跡的機關FILE.562 關東的高中生偵探 FILE.563 偵探甲子園 FILE.564 密室證明 FILE.565 偵探們的名推理 FILE.566 熱血偵探
487 總局刑警戀愛物語8 左手的無名指★ 漫畫單行本56 ：
FILE.576 訂婚戒指1 FILE.577 訂婚戒指2 FILE.578 訂婚戒指3
488 電視臺的惡魔★ 漫畫單行本57 ：
FILE.591 惡魔來臨。.. FILE.592 惡魔的手段 FILE.593 惡魔之淚
489 法庭的對決Ⅲ 目擊者是檢察官★◆ 動畫原創
490 服部平次VS工藤新壹 滑雪場的推理對決★ 漫畫單行本50 、51：
FILE.518 平次的回憶 FILE.519 雪女之計 FILE.520 謎壹樣的纜車 FILE.521 銀衣雪女傳說 FILE.522 風雪中的復仇
515 怪盜基德的瞬間移動魔術★ 漫畫單行本61：
FILE.631 紫紅之爪 FILE.632 瞬間移動 FILE.633 三個禁忌 FILE.634 Zero
516 風林火山 迷宮的鎧甲武士★ 漫畫單行本59 ：
FILE.613 蜈蚣 FILE.614 鎧甲武士 FILE.615 兵法 FILE.616 風林火山 FILE.617 戰 FILE.618 陰和雷
521 殺人犯 工藤新壹★
FILE.646 憎恨之村 FILE.647 消失的記憶 FILE.648 工藤新壹殺人 FILE.649 死羅神大人 FILE.650 止不住的眼淚 FILE.651 真身
522 新壹的真實身份 小蘭的眼淚★ 漫畫單行本62 、63
FILE.652 真正想問妳的事情 FILE.653 我的推理 FILE.654 推理的答案 （有523的劇情）